当李元利正在轰轰烈烈地练兵、屯田、建设时，四川的形势又发生了巨大的变化。
在这之前，大西军孙可望已经离开云南并占领了贵州全境，派刘文秀所部已经基本上平定了四川，社会生产也在逐步恢复，这种情况下，满清朝廷在给吴三桂颁发平西王金册金印的同一天，即顺治八年（1651年）九月八日，同时向他发布了出征四川的命令。
这次的皇帝诏令，给了吴三桂比以往更大的权力，把地方的军事大权都交他掌管，授予他奖惩、生杀大权，不得不说，此时才年方十三岁的满清小皇帝顺治，已经具有了很厉害的战略眼光和胆识，但很有可能是投靠清廷的汉臣献计。
此时的四川虽然连年遭受兵灾，但人口却还剩下不少，如果等刘文秀在四川站稳脚跟，只要过上两三年，必定是兵多粮足，清廷要想一统天下，绝对要付出更多的代价。
刘文秀这一次进川，把原来盘踞在川中割据自雄的各路流贼、明军残余武装以及地方豪强武装都一一消灭或者收编，并且在各地分派官员，招抚百姓，恢复生产。
就在这个时候，吴三桂来了！
顺治九年（1652年）二月，刚刚开春，平西王吴三桂与定西将军墨尔根侍卫李国翰率部自汉中发兵，分东西两路入川，吴三桂部翻越大巴山，经剑门关直逼保宁。
吴三桂所部的关宁骑兵，其实就是他手下三千家丁为主力的一支军队，耗费了明朝廷大量的粮饷，却根本不听当时明廷的号令，而只听从将领们的命令。
关宁骑兵人员混杂，有辽东汉人，也有辽人、蒙古人，他们为一已私利而战，却始终不是当时后金兵的对手，驻守关宁时也只能消极防御，而从来不敢出关主动攻击。
就是这样一支骑兵，在明末能被称为最精锐的部队，号称能与后金的八旗军正面交锋。而吴三桂也凭借这支骑兵，在投降满清后为新主子立下汗马功劳。
这个年代的人，心目中根本没有什么国家和民族大义，有奶便是娘，他们能为主将或者自已的主家慷慨赴死，却在清兵来到的时候举手投降。
各部抗清武装，基本上可以归纳为三类，一是不堪压迫的。满清刚入关时，北方各省无论军民，投降得最快，清廷也适时地减免赋税，于是老百姓就满足了，老老实实地做顺民，但过了几年，他们发现照样要交纳赋税，照样要受地主、官府的剥削压迫，照样吃不饱、穿不暖，而且还成了奴才，他们成了二等人，一等人是满人！
这时候，他们才觉得其实明朝也不错，至少不用见了人就要跪在地上自称奴才，于是各地起义此起彼伏，但都只称得上是“疥癣之疾”，相继被清军轻易扑灭。
第二类是浑水摸鱼想投机的。比如强拉朱由榔去当皇帝的南明大臣，他们或许有一些效忠之心，但更多的是投机的心理：假如自已辅佐新皇复国成功，那就是有大功于国的复国功臣，能够名垂千古，要知道古时的文人就好这一口，宁死也要留名于世。到了后来发现即便死了也没有希望，他们马上就找个地方躲起来继续吟诗饮酒，对外自称“明朝遗老”，有的干脆直接躲进了清兵占领区，因为那边相对之下没有战乱，肯定要太平些。
这一种人还包括南明时期的川黔等地大小军阀和降清复叛的各路军头，他们有不小的野心，总是妄想有朝一日风水转到他家，即便不能坐上皇帝的宝座，也能混个一方霸主。但他们也有强烈的投机心理，谁势大就打谁的旗，总之就是觉得打不过了就投降，觉得有机会的时候就捅你一刀。
孙可望也是如此，有实力的时候争权夺利、排斥异己，和南明小朝廷玩得不亦乐乎，一朝战败，连忙降清，反过来做了伐明的急先锋，还混了个王爷来当。
还有一种是草寇型的，这种人主要是各地的地方武装流寇武装，比如姚黄十三家，他们没有什么政治目的，典型的墙头草，有奶便是娘，国家和民族这样的字眼对他们来说离得比月亮还要远。
南明小朝廷内外，所有人都在敲着自已的小算盘，根本没有人想到四川的整军备战，对和四川只有一山之隔的汉中吴三桂部也根本没有一点提防。
吴三桂部进入四川后，很快就攻破保宁府，杀了南明任命据守此城的川将赵荣贵。接着又挥师南下，再取嘉定，川南巡抚范文光听说嘉定失守，服毒自杀。孙可望麾下白文选、刘镇国眼见清兵势大，连忙率部退守叙州。
一路势如破竹，四月间，吴三桂已经由佛图关进入重庆，击杀南明总兵李廷明，又分兵围cd，南明朝廷任命的官员连忙带了士卒出城投降，随即吴部再取叙州。这时刘文秀大军已经回了云南，白文选、王复臣部只得退守永宁（今四川叙永县）。
南明的提学道任佩弦，向吴三桂投降。到了六月，吴军已经北取石泉，又遣兵恩威并施招抚漳腊、松潘等地土司，其他地区的南明将吏也纷纷接受招抚，向清军投诚。
至此，四川已经尽数入了吴三桂手中，然而，孙可望吃了这么大的亏，他怎么可能善罢甘休？
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巴东如今已经成了大兴军的工业基地，李元利现在每隔几天就要跑过去一趟，虽然只有一百多里路程，但始终是不方便，他甚至已经考虑过把大兴军的指挥中心搬到巴东去，但手下的将领们一致反对，他们认为巴东紧依长江，如果