葡萄牙虽然占领了澳门,得以在澳门长期居住,但明朝政府依然对澳门实行有效的统治,每年收取澳门地租银一千多两,而且澳门的各级官吏也都是中国政府所派。在万历初年,前明朝廷为有效控制居澳葡萄牙人,在葡萄牙人居住区外修筑了一道围墙,中间留有关闸派官兵守卫。这些守闸官兵定期开启城门向葡萄牙人供给薪蔬食物及日常生活用品。
前明朝廷的初衷是要让葡萄牙人尽在中国政府严密控制之下,“让葡夷仰我濡沫,使不易久居”。有暴乱时,则可以及时关闭关闸,断其粮食供应。但是明朝帝王大臣们低估了葡萄牙人的能力,他们以经商为业,而中国边境的私人贸易从来就没有被很好的管理与控制,而且地方官员还与外人勾结起来中饱私囊,这些都极其有利于葡萄牙人与中国人进行私人贸易而不受前明朝廷的干预。
另外,以围墙将葡萄牙人圈起来,这本身就促成了葡萄牙人划地自治。葡萄牙人在关闸以内组织议事公局,每三年举行一次选举,同时还建立警卫队,设立海关,向在澳外国船只收取关税。与之相对比,广东地方官员反视澳门为外府,对葡萄牙的侵略恶行“佯禁而阴许”,这更助长了葡萄牙人的嚣张气焰。
后来。倭寇作乱。葡萄牙人也在暗中推波助澜。倭寇一除。朝中大臣也就准备对葡萄牙人动手，但当时人对驱葡有两种观点:一种是剿除澳夷,一种是将其移至浪白外洋,使之就船贸易。总督张鸣罔认为：葡萄牙人居在关闸以内,又有守城官军,且衣食所需都由我方供给,故制服较易。他说:“若移之外洋,则巨海茫茫,奸宄安诘,制御安施?”他提出的“关闸内不许一奸阑出,外不许一倭阑入,无启衅,无弛防,相安无患”的建议也被朝廷采纳。这在耿精忠看来完全就是鼠目寸光之计,苟且相安之策。使得葡萄牙在澳门的长期居住权再一次被前明官方认可。
到明末,前明王朝内部政治腐朽,机构涣散,无力对付葡萄牙入侵,葡人在澳门的独霸地位遂更加牢固,通商市易尽归其断,荷兰曾于万历三十二年和三十五年到广东欲与中国通商,皆为葡人阻拦。五十年前，也就是天启二年，荷兰海军大将拉佑逊率军舰十五艘,兵士两千人攻澳门也失利而退。次年,葡萄牙驻印度总督任命了澳门首任总督,赋予其管理澳门的权力。葡萄牙殖民者由此向其他资本主义列强暗示了他对澳门的独家占领权。
这些年，清廷顺治以及康熙为了进一步控制沿海人民的抗清斗争,阻挡西欧列强的入侵,厉行海禁,实施迁海政策,让沿海居民内迁,断绝与外国人的私人贸易交往,严申:“非系贡期,概不准其贸易。”但是都没有损害到葡萄牙人多少利益，到了现在。葡萄牙人在澳门可以说已经是根深蒂固。势力很是庞大。周围府县的官员也多会为他们说话。毕竟葡萄牙人的钱也不是那么好拿的。
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