万历皇帝以为能将文官集团慢慢的拖垮后屈服自己的意见，但他实在是不了解这些文官。〖〗，批评他的人远没有气馁。用皇帝自己的话来说，他们不顾惩罚以博取当前的名声。
早在皇帝‘罢工’初期，大理寺评事雒于仁上书批评皇帝，说他有‘酒色财气’四个毛病。说神宗“嗜酒则腐肠，恋色则伐性，贪财则丧志，尚气则戕生”。
神宗看了他的上书后大怒，还是申时行代为解免，才将他削职为民。时日一久，万历懒惰之名大著。有的历史学家认为他的惰性来自先天遗传，也有历史学家则怀疑他已经染上了抽鸦片的嗜好。
皇帝迟迟不立太子，导致皇宫内外和全国上下谣言四起。有些谣言还记录于史书。比如说恭妃王氏是一个年长的女人，在和万历邂逅相遇的时候就已经消失了青春。此后她又一目失明，所以不能继续得到皇帝的宠爱。另外一个故事则说是万历病重，自度即将不起，有一天一觉醒来，发现恭妃王氏的胳臂正枕在他的脑袋下，脸上的泪痕未干，而贵妃郑氏则无影无踪。还有一个故事提到了常洛的祖母慈圣太后。她反对皇帝弃长立幼的企图，为此和他作了一次专门的谈话：
皇太后：“如果你真要这样做，你将何以向天下臣民交代？”
皇帝：“这容易。我只要说他是一个宫女的儿子就可以了。”
皇太后：“你不要忘了，你自己也是一个宫女的儿子！”
这时国内外形势危机四伏，杨应龙在西南叛变。脖拜在宁夏造反。日本的丰臣秀吉侵略朝鲜。东北的建州女真，但是北京城里的文官们最关心的，还是当今圣上一旦官车宴驾，谁将继他登上万岁的宝座。
有一位名叫顾宪成的文官，他的同僚王家屏因为‘争国本’批评了皇帝，皇帝一气之下，就罢了他的官。阁臣缺员，照例由吏部会同其他官员“会推”几个人选供皇帝选择。而顾宪成等人把王家屏列为“会推”名单中的第一人选，这不是分明在和皇帝对着干吗？不仅如此，顾宪成还得罪了首辅。有一回首辅王锡爵找他谈话说：“现在竟有这等怪事！内阁以为是的，外廷总要反对；内阁以为非的，外廷却都成！”
顾宪成针锋相对回答道：“是啊！现在的事情实在奇怪：天下以为是的，内阁都要反对；天下以为非的，内阁却都赞成。”这样，他把皇帝和首辅全都得罪了，还能有好果子吃吗？皇帝降旨：将他“削籍为民”。这是万历二十二年的事。
回家后，顾宪成和朋友高攀龙、钱一本、薛敷教、史孟麟、于孔兼等人开了家书院讲学。还把一幅对联挂在门口：风声、雨声。读书声，声声如耳；家事、国事、天下事。事事关心。
明末著名的“东林党”，形成了！
东林书院将正直的士大夫吸引过去。而这些人自然支持书院创立者的看法，在他们看来，万历皇帝对他长子的偏见（这种偏见导致他偏袒他的第三子继位）是不合乎道德，不合乎礼仪的。他们反对万历皇帝立朱常洵为太子的热情，不逊于任何狂热的宗教信徒。
万历二十九年，皇帝最终屈服了，皇长子朱常洛被立为皇太子，朱常洵为福王。即日诏告天下。次年正月，并为太子册妃郭氏。但文官们看来事情还没有结束。那位掩袖工谗的郑氏日夜挨在皇帝身旁，谁敢担保情况不起变化？
但万历皇帝在文官集团面前已经充满了屈辱感和无力感，他对文官集团早就不再信任，现在更是满怀憎恨，皇帝的罢工持续了下去。
臣僚们抗议的奏章不断向他提出，他也不加答辩。因为他知道，只要在奏本上一加未批，不论是激烈的驳斥还是冷静的辩说，这些朱批和原来的奏折都要送到给事中的办公室里传抄公布，这就正好中了那批抗议者的下怀，使他们达到了沽名买直的目的，而暴露了自己缺乏雍容的气度。最合适的办法就是把这些可恶的奏本留中，即扣押在宫内不加批示。
于是有良心的官员觉得无法执行他们的任务，只好提出辞呈。万历以同样的态度对付这些辞呈，既不接例慰留，也不准离职。有的官员在盛怒之余径自挂冠而去，吏部建议对他们追捕而加以究问，万历同样还是置之不理。
到他临朝的后期，一个文官自动离职就意味着一个名位已被废革，因为不再有人补缺。到万历四十二年，政府里的六部尚书中，现在只剩下一部有尚书了，全国的巡抚、巡按御史、各府州县的知事已缺了一半以上。皇帝即不批准吏部对官员的升迁，也不批准处罚官员。这等于将政府机构的激励机制和监督机制全部破坏。
但万历皇帝现在已经一无所求，既然爱子不能当上皇帝，那就多给他点零花钱吧。土地税和人头税有明太祖制定的祖宗家法在，不到危急关头不能加税。神宗于是征收商税，除书籍与农具免税之外，一切商品交易都收税百分之三。另外就是臭名昭著的“矿税”。
神宗派大批太监四面八方的出去收矿税。只要“矿税使”认为甚么地方可以开矿，就要地产的所有人交矿税。这些太监无恶不作，随带太批流氓恶棍，到处敲诈勒索，乱指人家的祖宗坟墓、住宅、商店、作坊、田地，说地下有矿藏，要交矿税。结果天下骚动。征收的财物缴入神宗内库的只十分之一、太监克扣的是十分之二、随从瓜分的是十分之三、流氓棍徒乘机向良民勒索