而针灸体系中最深奥的子午流注、灵龟八法这两种的运用就真真切切与现在社会上一些算命先生的言论有点相近了，子午流注和灵龟八法的运用可是需要看时辰、看穴位的，真正有着过时不候之说。
灵龟八法，即根据八卦九宫学说，结合人体奇经八脉气血的会合，取其与奇经八脉相通的八个经穴(八脉交经八穴)的按时取穴法。
公孙冲脉胃心胸，内关阴维下总同，临泣胆经连带脉，阳维外关目锐逢，后遵督脉内眦颈，申脉阳蹻络亦通，列缺任脉行肺系，阴蹻照海隔喉咙。也就是取即脾经的公孙（通冲脉），心包经的内关（通阴维脉），小肠经的后溪（通督脉），膀胱经的申脉（通阳蹻脉），胆经的足临泣（通带脉），三焦经的外关（通阳维脉），肺经的列缺（通任脉），肾经的照海（通阴蹻脉）这八个穴位。
灵龟，是古人称九龟中的一种，曾将其龟壳烧制后，根据其裂纹表现推算事物的因果关系。
八法，是指八卦的推算方法。灵龟八法一说首见于《针经指南》，是古代时辰针灸学的一个主要内容，取穴运算周期为60天。
九宫数计算方法：曾有“阳日除九阴除六，不及零余穴下推”之说。即由针灸治疗当时的日天干、日地支、时天干、时地支四个代表数值相加，得一和数，阳日将此和数被9除，阴日将此和数被6除，所得的余数(不是商数)就是九宫数。如恰能除尽，则阳日的九宫数是9，阴日的九宫数是6。九宫、八卦与八脉交经八穴间的配属关系。
干支的代表数值是古代对气象学研究的结果，用偶数代表自然界的阴气，用奇数代表自然界的阳气。然后根据天人相应的思想，引申到人体上来，从而说明人体内阳气及阴气的运转情况，以推测穴位在某个时辰中气血的多少，作为选穴治病的依据。
九宫图的数值，是以中土为中心观察地球运转情况和太阳对地球的影响而模拟的生物钟。
例如：乙丑日壬午时来诊，日天干为乙(9)，日地支为丑(10)，时天干为壬(6)，时地支为午(9)，以上四个数字(指括号内的数字)相加的和数为34。乙日为阴日，用6除34得商数为5，余数为4，这个余数4即九宫数。该九宫数所代表的八卦为巽，代表穴是临泣，所以此时的灵龟八法选穴为临泣穴。治疗相应的病症需要用到足临泣穴的时候就必须这个时候前来治疗，若过了这个时辰则需要再约定下个治疗的日期。
至于关于灵龟八法的科学解释则没有任何西医方面的解释，而这也成为了反中医者们最好的攻击手段。
至于子午流注，是历代中医圣贤发现的一种规律，认为人体中的十二条经脉对应着每日的十二个时辰，由于时辰在变，因而不同的经脉中的气血在不同的时辰也有盛有衰。中医哲学主张天人合一，认为人是大自然的组成部分，人的生活习惯应该符合自然规律。把人的脏腑在十二个时辰中的兴衰联系起来看，环环相扣，十分有序。
血气应时而至为盛，血气过时而去为衰，逢时而开，过时为阖，泄则乘其盛，即经所谓刺实者刺其来。补者随其去，即经所谓刺虚者刺其去，刺其来迎而夺之，刺其去去随而济之，按照这个原则取穴，以取其更好的疗效，这就叫子午流注法。子午流注注重时间条件，以自然界周期现象，与人体气血周流的情况相配合的。
有人以为开穴的原因是因为营气和卫气恰在同一点上相遇，这一点上的穴就开了，这是大谬。要知道营卫之气在人体各部无时不在无处不在的，内经有说:“营卫之气一日夜分别运行都是五十周，周而复始，共行八百一十丈”而且每天如此，这样一算，岂不是每天营卫之气都有碰头的机会了么？再仔细一算它们碰头的机会在一天中有五十次之多；一天二十四小时，五十除于二十四得二，那就是营卫之气在同一点相遇有两次，如此说来，不是每天同一经穴要有两次开穴，而且天天都一样么这种理论如何站得住脚其实他是把“开”字误解做“开放”的意思,以为经穴开放，所以治病有效，所以才有这种理论。
其实开字是宣通的意思，就是经气在这时居于该穴，和该穴有关的身体各部病邪，都可藉针灸补泻的作用宣通气血（人身的疾病，归纳起来都是由气血偏胜偏衰和积滞不通所致，）所以开穴时取此穴治病，效果最好（内经中有守时待气之说,就是这个理论的根据）人体脏腑经脉，六十六个经穴(五行穴)都配合阴阳五行，“时”“日”天干也配合阴阳五行.因为人体是一个小天地，天地之气和人体之气是相应的，所以营卫之气在人体经脉中就有盛衰不同的时候，而五行又有生克的关系，相生,同气才能相应而合；相克，异气就不能相应而合。所以十二“经的天干”逢到“日的天干”相同时