原李过、高一功的第五师扩建为第五军，仍旧驻留宁夏，主攻蒙古乌拉特部，恢复汉时五原、朔方之地，策应主攻方面的进军。
党守素的第六师也一样扩建成军，从兰州调往嘉峪关。为准备收复哈密等西北卫所做准备工作。
朱慈烺自己分析的北伐作战共分为四个阶段，这也影响了总参谋部的计划定制，同样采用了四阶段论。
第一个阶段是收复河套地区，第四、第五两个军分别从榆林和宁夏出发。攻打乌拉特、土默特等蒙古部落，彻底收复黄河河套。
其中第五军的作战任务是直达乌梁素海，打通宁夏到乌梁素海的通道，并且在水草要津处建军堡固守。
林涛和赵良栋的第四军将以归化城（呼和浩特）为目的地，最终要攻克这座青色之城，并驻兵巩固，前线兵锋越过归化城北部的大青山，设立前沿军堡。
在第一阶段结束之时，大明应该控制了整个河套地区，确保河套马的供应。为第二阶段作战打下基础。
在第二阶段的作战中，周遇吉将从张家口出兵，寻找较大且反抗大明的蒙古部落进行决战，彻底平复漠南蒙古的反抗，成为继续北伐的物资囤积之地和兵员补充地。
在完成了这两个阶段之后。大明的国力应该有条件进行蒙古地区的道路修建和军堡布点，继而将兵锋送达乌尔格——后世蒙古国首都乌兰巴托。
在占据乌尔格之后，整个蒙古高原都将在大明的统治之下，然而这并不是结束。在北伐之战中的最后一阶段，大明的军队将抵达北海——贝加尔湖，这也是当年苏武牧羊的地方，大唐鼎盛时的疆域北端。
整个北伐作战中。大明动用的军队将在五十万上下，准备耗时二十年，而大明的敌人是谁呢？
草原，青山，严寒，为数不多的蒙古牧民……
因为真正的蒙古帝国已经在十数年前彻底覆灭了。
许多人都会搞混元朝和蒙古帝国的关系。仔细分析下来却也不算太复杂。
在国朝太祖定鼎中原之后，元惠宗妥欢帖睦尔率领着蒙古王族和元朝所剩的军队撤退到了自己祖地——蒙古高原。
因为成吉思汗近似于疯狂的扩张，使得蒙古人的土地幅员辽阔，汗国、部落林立，而占据华夏故土的元朝版图只能算是蒙古帝国的一部分。
因为元朝皇帝又是蒙古帝国名义上的大汗。对于蒙古各大汗国和部落享有一定程度的宗主权。元朝的灭亡只能算是蒙古帝国失去了华夏数省，而帝国依然存在。
元惠宗于洪武三年在沙拉木伦河畔的应昌去世。
其长子爱猷识里达腊获悉父亲去世的消息后，便在哈拉和林继位，他将元朝政权又维持了八年，并厉兵秣马盼望着有朝一日收复失地。然而，他非但没有机会实现这一愿望，还面临着深入蒙古腹地的明军征伐。
洪武五年，大明战神徐达率军攻向哈拉和林，这黄金家族的大本营，是权力和荣耀的象征，战争十分激烈。只是因为战线过长，后援不继，明军受阻于土拉河畔。
洪武十一年，爱猷识里达腊去世，其子脱古思帖木儿继位，这位第三任残元皇帝所能控制的领土已经缩小到蒙古帝国最初兴起时的规模。
十年之后，大明凉国公蓝玉率领十万大军，在合勒卡河和克鲁伦河之间，贝尔湖南岸大败元朝大将脱古思的军队，所谓捕鱼儿海大捷。此役中，元朝诸王、平章以下官员三千多人及军士七万余人被俘，脱木思帖木儿逃走后被其部将缢杀。
这次的战败使黄金家族——忽必烈系的大元政权丧失了在蒙古人中至高无上的地位，以至于大多数蒙古部落宣布脱离它而自立。
蒙古各部又回到了争夺蒙古帝国大汗宝座的纷争当中。
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