新疆南部发生的叛乱在西北军区和国安总局联手打压下已经平息，江云坐镇喀什，杀的人头滚滚，很有点宁杀错莫放过的劲头。自宣布南疆为军事管制区后，所在地区一律实行军法，不走正常的司法程序，军事法庭就可以判处死刑,而且不准上诉。四个月里，军队负责武装平叛，国安总局负责清理隐藏的叛乱分子，分工明确。军队还好说，基本保持了国防军严明的军纪，国安总局就令南疆居民谈“江”色变了，整个新疆，被国安总局抓捕处死的超过了三千人，这还不包括几支行动队秘密行动的“成果”。
在中华共和国的版图中，新疆、西藏及青海是三个边疆省份，也是三个不安定的省份。前清、宗教及外国势力交织在一起，对中央就不那么恭顺了。虽然成立了省级政府并派驻军队，但中央实际控制的地区很有限。这种局面由来已久，包括曾率湖湘健儿平定阿古柏叛乱的左文襄，也没有真正统一新疆。北疆还好，南疆的宗教势力一直很强，而且与俄国有着直接的联系。前清时期对于新疆实际是采取羁縻怀柔政策，1915年，新疆议员曾提出建立自治区的提案，未获通过。1916年，随着中央强力推行土地方面的一系列政策并策划成立新疆农垦兵团，引发了中央与当地权贵的矛盾。加上由于远征军征俄带来的外交成果。被俄国控制的中亚地区政权担心中国乘俄国内乱而西进，加大了对新疆地区不满中央政策的渗透和武装支持，终于乘西北军区兵力被大批抽调出国作战之际爆发了武装叛乱。叛乱由喀什发起。席卷南疆，大批的汉族官员被杀，叛军最多时高达25万，中央震动，随即部署平叛。
情况虽然危急，但北京在平叛上却采取了稳扎稳打的策略，先固守迪化。挫败叛军的北进，然后从容调集大军进疆。最后的战局交给了自俄国回来出任西北军区司令官的石大寿上将。为了彻底解决新疆问题。龙谦钦点江云坐镇新疆，将叛乱的根子彻底挖掉。
仓促成军的叛军自然不是国防军的对手，军事上的胜利没有任何人怀疑。但挖出潜藏的叛乱分子就比较麻烦了，江云的办法很简单。彻底清扫新疆的上层势力，除了切实与中央合作的政教头面人物外，凡是县级以上维族官员，凡是土地超过100亩的地主，凡是宗教首脑，都是他“清除”的对象。名义上担负平叛最高职责的石大寿上将曾提醒江云，要格外慎重于宗教问题。但江云毫不在意，照样按他预定的套路走。他的新疆分局有一份名单，谁是忠于中央的。谁和中央有二心，一清二楚。证据确凿的，经军法审判走个程序。证据模糊的，直接由行动队用他们的方式处理。
长期担任蒙山军情报机构最高首脑的他对于权力和权势有着与他人不同的深刻理解，在当今社会下，任何一种势力，包括宗教势力，都无法与政权抗衡。政权是什么？就是镇压之权。它外在的标志是监狱、警察和军队，内在的核心是权力高度集中的领袖。什么宗教。什么主义，在铁血政权面前都是渣。所以他很欣赏曹锟吴佩孚进藏后的做法，论宗教势力，新疆总比不上西藏吧？政教高度合一的西藏又如何？还不是乖乖与蒙山军采取合作态度？既然新疆不老实，那我就将能够煽动民众的所谓上层人士一网打尽，看他们还怎么煽动无知的民众？
江云得到龙谦的默许后，在新疆事件中算是出了次风头。而之前，他一直隐藏在黑暗中，低调谦和，即使国安总局脱离警政部成为独立的正部级机构，江云也极少出席政务院的工作例会，反正他的顶头上司只有一个，除了那个人，没有人知道江云在忙些什么。在总局内部，江云的神秘性依然很高，他的助手和部下们说不清总局长在哪儿，最近在抓什么工作，更不知道他的私生活。包括一直担任副总局长同样深受龙谦信任的王之峰。
江云最初的业务知识完全来自龙谦的传授。可以毫不夸张地说，是龙谦将他领进了这道充满血腥、刺激和责任的大门。但更多的知识、原则来自他本人的悟性。他奉行不渝的原则之一就是保密，左手所做的事不需要右手知道。所以他极少开全局的高级官员会议，极少布置全局性的工作，总是单独交代，单独应付，并且成功地建立了一套内部监察体系，除了他自己，包括王之峰也被监视着，去哪里，跟谁走得近，私生活是否检点。他认为国安系统的高级官员必须有着清教徒一样的精神，外围和下层人员可以将标准放宽，但核心成员不允许在财色两字上出问题。古人说，货色两关打不破者，其人不足道也。情治部门的首脑贪财好色，一定会出大乱子。因此，组建总局以来，他清退了一大批元老，那些人离开岗位的原因不是不称职，更不是背叛，而是违反了他信奉的准则。
建立这样的体制带来的直接后果就是劳心费力。需要极为灵敏的头脑和旺盛的精力。但江云却乐此不疲，他是孤儿，没有亲人来往。他又是单身，没有家眷。在江云看来，迷恋女色的人都是蠢货，真正的男人所迷恋的，绝对是权力而不是其他。权力的核心是主宰他人命运，不是金钱，更不是美女。所以，江云不贪财、不好色，大部分时候吃住在总局，埋首于案牍或者在他那间不算宽敞却总是整理的井井有条的办公室里沉思。
近年来，国安总局越来越沉寂了，失去了建国初期的风光。当