虽然张兴的起义军刚开始声势浩大，但是那是因为大汉没有反应过来。一个月后，大汉组建的军队与白莲教的起义军开始了对峙；虽然白莲教人多势众，但是毕竟是一些刚刚放下锄头的普通农民，岂能与大汉的精锐军队想提并论；倘若不是大汉的军队人数不多，这些白莲教的起义军就很快被扑灭了。但是，随着时间的推移，白莲教的军队的素质在日益增强，慢慢的开始与大汉军队对峙起来，在全国各地开展战斗，有输有赢，不想刚开始一样，一面倒的颓势。但是，在北方，张兴的军队是出于绝对的劣势的，大汉皇帝不能够忍受在自己的身边能够有威胁自己的军队存在，因此，几乎集中了全国之力，对付张兴的主力部队。
不过是半年的时间，张兴在北方的不对就被打得落花流水。张兴也开始意识到形势不妙，将部队慢慢开始向南方移动。在这些战争中，没有人会关心老百姓的生活，没有了粮草，不管是大汉的军队，还是张兴的起义军，都只会强行抢夺老百姓的口粮，如果不从，就会被杀害。因此，大汉的各个州郡现在都是一片狼烟，民不聊生。在这个大汉内乱的机会，北方的异族也没有放过这样一个天赐良机。异族聚集了十万大军，正朝着大汉的边界虎视眈眈，准备给大汉以致命的一击。
在这种形势下，5月，黄芪命士兵手持火把暗暗出城，利用白莲教军队营寨周围的杂草，用火攻大破敌人，大呼进攻，城上亦举出火把响应，黄芪以鼓助战，冲入敌阵，白莲教军队大乱，四处奔走。最后斩杀数万人，汉军大胜。
6月，朱元斩杀了白莲教大将张不凡。最后黄芪和朱元合军一处，向南不断剿灭白莲教军队，大破敌军，成功讨平大汉东南一带的白莲军。之后，黄芪数次与张兴对战，斩杀数十万人。最后张兴不敌，只好撤回西南一处。黄芪建筑拦挡、挖掘壕沟，制造云梯，最后花费了三月的时间，大破张兴。张兴眼见大势已去，只好自刎身亡。
白莲教起义前后不过一年的时间，但是整个大汉已经是千苍百孔。虽然白莲教主力已经被剿灭了，但是还有许多零散的部队，分散在全国各处，变成了土匪，继续祸害人们。这时候，虽然起义被成功扑灭了，但是各处将军手握重兵，大都不愿意放弃自己的势力，各自佣兵自重，大汉皇室对于各地的掌控更加的弱了。虽然黄芪和朱元为大汉立下了汗马功劳，但是由于二人性格直爽，嫉恶如仇，得罪了大汉皇帝身边的太监，最终被进谗言，打入大牢；由于二人年事已高，不过是几天的功夫，就在大牢中病故。看着二人的经历，朝中众人一片唏嘘，朝中众人对于大汉的忠诚更加低下了。现在大汉的皇命几乎不能够处京师三百里。
大汉的各处州郡都是一片混乱，各种有实力的世家大族都开始招兵买马，以防不测。天下的财富开始以一种更快的速度集中到了世家大族之中，老百姓现在的日子比以前更苦了，但是没有人关心这些，每一天都有无数的人死去，天地一片哀嚎………