多尔衮让豪格入关，和大明议和。济尔哈朗也想将功赎罪，也一起去跟大明议和。大明先要腾出手来解决鼠疫等灾情，度过财政危机，还要解决李自成和张献忠的农民军，袁嘉升有意让豪格立功，准备和满清暂时议和，便派陈新弟去跟豪格等人谈判。
魏藻德等大臣虽然不敢再反对，但还是不理解，提出异议：“皇上以前说，大明是打了败仗，和议可以避免崩盘。为何现在在宁远打了胜仗，还要和谈？”
袁嘉升说：“以大明现在的实力，要吞掉大清国也是很难的事情。不妨先请满清八旗去跟农民的流寇火拼，消耗满清的实力。打了胜仗议和，条件还可以更有利于大明。”
豪格失落皇位，于心不甘，他并未反躬自责，而是把一肚子的郁闷发泄到多尔衮兄弟身上，他急切于立功。豪格提出了当年皇太极提出的议和条件：“大明承认清朝的合法地位，然后划分国界，基本在宁远和塔山之间，在宁远和塔山之间建立两国互通贸易的交易区域。另外，明朝每年馈赠黄金一万两，白银一百万两。”
袁嘉升让陈新弟去谈，大明承认清朝的地位，以宁远和塔山之间为国界，在宁远和塔山之间建立两国互通贸易，这些条件都答应了。因为明朝承不承认清朝，清朝已经是强大的存在，而且两国贸易对大明也有好处。
至于明朝每年馈赠黄金一万两，白银一百万两，袁嘉升不同意，他只愿意象征性地每年给清朝五十万两银子，作为回馈，清朝每年给明朝马匹五千匹，辽参五千支。
另外，明朝可以请清军帮助平定李自成、张献忠的叛乱，每个月给军饷五万两。清军必须严守纪律，不得扰民。
豪格和济尔哈朗觉得这个条件可以接受，回报多尔衮。多尔衮也答应了和明朝和议的条件。
辽东局势暂时就安稳了。袁嘉升立即下旨，停止了朝廷辽饷等一切新旧加派，减轻北方农民的负担。
另外，袁嘉升在平台接见了吴有性，表彰他作为大医官来控制瘟疫的功劳。
在几个月的治疗和控制瘟疫基础上上，吴有性提出了一整套祛邪达原理论，临床治疗收到很好的效果，尤其是他创立了达原饮一方以治疗温疫。达到使邪气尽快从膜原溃散，以利于表里分消的目的。
“这个方子贵吗？”袁嘉升问道。
“不贵，都是一些寻常药物。方中槟榔能消能磨，为疏利气机之品，可以除伏邪，又可治岭南瘴气；厚朴亦属疏利气机之品，可以破戾气之所结；草果辛烈气雄，可以辛散以除伏邪蟠踞。三味药物相合协力，以使气机疏利，直达巢穴，促使邪气溃散，速离膜原。”吴有性说。
“甚好！”袁嘉升下令在北方大力推广达原饮，政府免费给老百姓发药。
“皇上英明。”吴有性说。
后来，吴有性还创立了三消饮，即达原饮再加大黄、羌活、葛根、柴胡、生姜、大枣而成，制成药水，给患病的老百姓喝。
袁嘉升还让地方父母官发布告，让老百姓注意家中通风，预防鼠疫的再次大爆发，还在城外建了四个集中营，发病的人统统送到城外的集中营隔离。
经过合理控制，北方的疫情终于平稳，控制住了。
袁嘉升lùn_gōng行赏，要封吴有性当官。吴有性拒绝说：“臣本布衣，闲云野鹤惯了。危难时刻，能为国效力，已经很知足了。请允许我回归乡里，依旧为老百姓看病。”
“先生大才，光是看病，大材小用了，不如朕给你开一家医学院，你教授学生，为我大明培养千千万万的医生。你可以一边给老百姓看病，一边教学生。”
“臣谢主隆恩。”吴有性本来就有做学术的想法，愉快接受了袁嘉升的提议。
袁嘉升给吴有性设立了大明医学科学院，聘请他当院长，开馆授课。
之后，袁嘉升立即对明朝的内政进行了改革。最先做的就是改革军制，改变原来明朝重文轻武的局面。
袁嘉升借着宁远大捷和各地战事的捷报，大封功勋之将士，正式加封吴三桂为平西侯，封孙传庭为镇西侯，封唐通为定西侯，封姜瓖为镇南侯，祖承志受封骁勇大将军，何勇智、满黑龙被封为骁骑大将军，他们依旧协助驸马巩永固统领新禁卫军。
对于武将的封侯，明朝之前是相当吝啬的，吴三桂最大也就封了个平西伯。想对比，历史上满清在对武将的封赏上就很大方，不仅满族人封王，对汉人那也是不遗余力的封赏，光封王的就有五个，吴三桂，孔有德、耿仲明、尚可喜，就连孙可望也封王，其他如公侯伯子男更是数不胜数。
袁嘉升还提拔宋权为兵部尚书，原兵部尚书张国维调为工部尚书。宋权本来是文官，但颇为武将风范，二十八岁就中进士，以忠孝清廉、正直而闻名天下。当年魏忠贤还活着，不少朝臣争请为他建立生祠。唯有宋权坚决拒绝，还多次犯颜上书。崇祯铲除魏忠贤后对宋权另眼高看，擢他任顺天巡抚，驻守遵化。历史上，宋权全力抵抗李自成的农民军，先后击杀、收降李自成农民军数千，遵化所辖4路21州县安然无恙。
袁嘉升在皇极殿为吴三桂、孙传庭、唐通、姜瓖、祖承志、宋权等将领举行了盛大的加封仪式，并宣布改革大明兵制，这六位将领组成军部，任命为军部大臣，直接对皇帝负责。
那天在大殿上，袁嘉升面色严肃，说：“大家知道