刘基进城之后，首先便是张榜安民，然后命令原本的秣陵县令陶基修葺此前损坏的城墙，连续大战城墙损毁严重，主要还是因为此时南方的城墙原本就不是那么坚固，所以修葺也是一项相当大的工程。
陶基，字叔先，原本就是秣陵县世家，笮融进驻秣陵之后任命他为秣陵县令，笮融战败被擒，刘基进入秣陵，陶基亲自前来迎接，算是投靠了刘基，不过世家皆是如此，为了保住自己的根基，很多时候都会选择更强的一方作为依附，历史上赤壁之战时张昭等文臣主降想必也有这方面的考虑。
而刘基本身就是世家出身，与世家大族息息相关，他必须要依仗世家起事，自然也不能对世家大族大肆出手打击，所以陶基归降之后刘基也没责怪与他，而且陶基其人被孙权任命为交州刺史，担任一州之长，政绩斐然，也是个人才。
如今笮融被擒，其部下自然也翻不起什么大浪，留任陶基继续担任秣陵县令，也是出于安抚笮融部下之心的缘故。所以陶基对刘基十分感恩，并表示一定好生修葺完善秣陵县城。
刘基对此很满意，很快太史慈等人打扫战场之后前来向刘基禀告战果，并请示降卒如何安排。
持续五十来天的秣陵之战，以刘基取胜而告终，此一战先是杀死笮融之弟笮融，然后攻入城内活捉笮融，不过刘基一方死伤人数至少在六千之数，可以说是一场惨烈的战斗，这是刘基征战以来第一次遭遇如此多的死伤。
对于降卒处理问题，刘基也是颇为头疼，如今笮融被擒，其部下有多是徐州精锐，刘基自然想要能够为己所用，可是刘基又担心这些人对于笮融忠心，因为对于笮融刘基肯定是不想放过他的，一旦笮融身死这些人在自己的部下能不能部叛乱也是未知数。所以刘基只好下令太史慈现将这一千多人收押，等到打败孙策之后再做处理。
处理完各项事务，刘基说道：“如今笮融战败，秣陵收复，丹阳郡业已平定，自此江东之地已经尽归吾父。孙策原本是想要来支援笮融，并借以笮融的兵力对我江东形成威胁，只不过如今笮融新败，孙策孤立无援，其部众也不及我等之多，若论武将之勇，其虽有黄盖，韩当、程普等辈，可我亦有子义、休穆、幼平，若论智谋计略，其虽有二张为辅，陈端、秦松为谋士，可我帐下元叹之才亦不在他们之下，是以孙策想要夺我江东无异于痴人说梦。可笑那张昭张纮号称天下名士，竟也看不清时局，去助一个必败之人，此番我必要生擒他们。”
太史慈出列请缨道：“府君，如今笮融已败，不如趁此机会率军夺回当利口等重要渡口，不可使孙策等人立稳根基。慈虽不才，愿领五千人马，为府君打败孙策，夺回失地。”
“我亦听闻孙策之名，也想前去见上一见，所以此番子义不可独揽此份功劳，我与子义同去。”刘基笑着说道，孙策这么一个有名的历史人物刘基自然不愿错过不见。
然后刘基对朱治诚恳地说道：“今番笮融已败，至于前方孙策处的战事，朱都尉既为其父旧部，为避免朱都尉有所为难，朱都尉不妨押送笮融前往曲阿交给吾父亲自处理，并将此处战事禀明吾父。”
朱治本来也在担心这个问题，若是跟孙策对上他到底该如何抉择，不过刘基如此诚恳，也相信刘基是他着想，而不是对他心生猜忌，担心他和孙策有所勾结，当下谢道：“多谢刘将军，我率军明日返回。不过既然刘将军说到此处，治也有个不情之请，正如刘将军所言，伯符此番必然难以取胜，还请刘将军取胜之后，不要杀害伯符，那时我愿书信一封亲自劝说伯符为吴侯效力。”
“好，朱都尉请放心，伯符勇名我素有所闻，心中亦爱惜伯符之才，若是伯符能够识的大体倾心归顺，我自不会为江东失去此等人才。”刘基闻言点头说道。
朱治放下心来，“此番我前往曲阿，便将我部兵马由休穆统率协助将军。”
“多谢朱都尉。”刘基点头。
待朱治离去之后，刘基安排道：“子义你与休穆前去整顿兵马，犒劳士卒，奖帅此番征战有功士卒，明日领五千兵马前往牛渚矶会一会那孙伯符。祖郎此番负伤未愈，不便随军作战，便率余下兵马留守秣陵。”
“诺。”
牛渚矶位于丹阳郡石城县以西二十里的江边，乃是是沟通大江南北的重要津渡，张英此时率领千余名加上驻守本地的一千士卒正屯守此处，于糜和樊能的援军尚未抵达，不过孙策刚刚拿下横江津和当利口，还未曾来得及进攻牛渚。
刘基抵达牛渚矶之后，张英一脸惭愧前来迎接，不过张英是刘繇最初的功臣，被刘繇任命为将军，如今失了当利口和横江津已成事实，且其中多有孙策出其不意的效果，所以刘基也不好怪罪与他。
见到张英之后，刘基得到了孙策更加详尽的信息，也就更不怕孙策了。
不过刘基抵达牛渚矶不久，孙策便派遣程普、吕范和部下军侯宋谦为先锋领兵三千前来攻打牛渚矶，刘基知道对方的前锋是程普之后，他自然是知道程普的厉害之处，虽说对方兵力不及自己，他也不敢怠慢，当下朗声道：“孙策如此心急，必然已经知晓笮融战败的消息，如今孙策刚取当利口等地，兵将士气正锐，如今我大军至此，我打算主动出击打败其先锋部队，挫一挫孙策的锐气，不知诸位谁愿出战？