虽然王保保在第一时间就收到了皇太子爱猷识理达腊下达的反攻元大都的命令，不过王保保直到至正二十五年（公元1365年）三月才率主力北上。
是什么事儿让王保保耽搁了近一个月的时间呢？
那是因为他的生父赛因赤答忽刚刚在洛阳病故。
元朝的丁忧制度是受汉人影响，虽然没有汉人当政时那么严格，但祖父母、父母亡故，一个月的假期还是必须要有的。因此，王保保的生父病故，他处理完后事再出兵，皇太子爱猷识理达腊也不能说他什么。
由于王保保的大军加入战斗，皇太子爱猷识理达腊组织的联合部队迅速攻占了元上都、大同等战略要地。孛罗帖木儿的大军迅速陷入了被动的局面。
紧接着，对孛罗帖木儿更加不利的事情接踵而至地迅速发生了。
首先是对孛罗帖木儿心生怨恨的也速再度反水，带兵向皇太子爱猷识理达腊投诚了。
得知也速再度反水，孛罗帖木儿恼羞成怒，立即命令麾下爱将姚伯颜不花率兵前去征讨也速部。
姚伯颜不花是员猛将，号称孛罗帖木儿麾下的“金牌打手”，根本就没将也速放在眼里。当他的大军到达通州（北通州，今北京通州）时，天降大雨，河水暴涨，大军无法通行。姚伯颜不花只得下令让大军暂时就地驻扎，待雨停之后再继续前进。由于对也速太过轻视，姚伯颜不花并未防备也速部会来偷袭他。
面对姚伯颜不花的轻视，也速岂肯放过这个立功的大好机会。他立即率兵偷袭姚伯颜不花不部，不仅大败其兵，还擒获了姚伯颜不花。
皇太子爱猷识理达腊得知也速擒获姚伯颜不花，并大败其军，十分高兴。为了从心理上打击孛罗帖木儿，皇太子爱猷识理达腊命令也速将姚伯颜不花就地斩首。
得知爱将姚伯颜不花被杀，孛罗帖木儿大为震惊，他亲率大军前来讨伐也速，欲为爱将姚伯颜不花报仇。谁知大军行至通州，再度遇上连日暴雨。
由于顾忌元大都内有人图谋不轨，孛罗帖木儿不敢在外多作停留，只得撤兵。回到元大都后，孛罗帖木儿迅速收缩兵力，决心凭借元大都的城坚池深，与皇太子爱猷识理达腊的联军决一死战。
可是上天没有给孛罗帖木儿与皇太子爱猷识理达腊的联军决一死战的机会。就在七月，已对孛罗帖木儿深恶痛绝的元顺帝终于出手了。他安排心腹死士刺杀了孛罗帖木儿，并将其脑袋割下来装在一个匣子里，派人送给了皇太子爱猷识理达腊。
元顺帝这一举动，无疑是在向皇太子爱猷识理达腊示好。
对于父亲的示好，皇太子爱猷识理达腊自然是有自己的打算。他决定利用这个难得的机会，让自己的战略合作伙伴王保保迅速带兵入元大都，控制住元顺帝。是时候让父亲禅位于自己了……
当孛罗帖木儿被杀的消息传到应天的时候，朱元璋震惊了。虽然王保保与自己达成了停战协定，但那个停战协定之所以能够顺利达成，是因为王保保要将主要精力放在对付孛罗帖木儿身上，无暇顾及南边的起义军。
现在，孛罗帖木儿死了，王保保最大的政敌被除去了。他是不是又可以腾出双手，转头来对付自己了呢？
想到了这些，朱元璋立即展开了行动。他让徐达率兵到淮北一带、常遇春率兵到皖东一带，做好元军南下进攻的各项防御准备工作。
再来说说王保保这边。当奇皇后和皇太子爱猷识理达腊找到了王保保，说出了让他带兵入元大都，逼迫元顺帝禅位的计划后，王保保陷入了沉思。
王保保从孛罗帖木儿的下场中看到，自己跟孛罗帖木儿一样，无非也就是元顺帝父子宫廷斗争中的一枚棋子。如果真的答应了奇皇后与皇太子，不管这事儿能不能成功，自己都得背上一个弑君篡位的千古骂名。
从好的方面想，这事儿成功了，自己即使成了皇太子爱猷识理达腊篡位的首席功臣，很可能将来也会遭到爱猷识理达腊的清算。因为爱猷识理达腊一旦登上帝位，必然会想办法洗白他的名声，将自己给杀了，然后把一切罪责都推到自己身上。
如果从不好的方面想，这事儿失败了，元顺帝肯定会灭了自己的九族。
正是因为基于这个考虑，尽管奇皇后和皇太子对王保保许以右丞相的官位，王保保也没有心动。
当然，王保保也不可能硬生生地拒绝奇皇后和皇太子，毕竟他们是自己的战略合作伙伴嘛！王保保只是告诉他们二人，这事儿事关重大，他得仔细琢磨。
对于王保保的这个答复，奇皇后和皇太子爱猷识理达腊基本还是很满意的。因为他们相信，有右丞相这个官位的巨大诱惑，王保保一定不会拒绝的。
九月初，奇皇后和皇太子爱猷识理达腊在王保保大军的护送下，离元大都只有约三十里了。就在奇皇后和皇太子爱猷识理达腊认为王保保即将率大军入城，帮助他们逼迫元顺帝禅位之时，王保保自编自演的一出好戏上演了。
就在此时，王保保忽然收到多封紧急军报，说是南边的农民起义军分三路北上，目标直指信阳、颖州（今安徽阜阳）、峄州（今山东枣庄）三地。
接到三地告急的紧急军情，王保保迅速命令大军南返去抗击农民起义军。大军掉头开拨之后，王保保立即去请示奇皇后和皇太子爱猷识理达腊，他将与大军一道南返。眼下离大都