第二次当皇帝，则主要是儿子（李隆基）跟妹妹（太平公主）的功劳，但也因此李旦没有自己的人马，权力的基础不够稳固。
另外还有一点我们如果用现代的眼光来看，李旦比较有人性，而且比较重视亲情，这跟李旦生长的环境有关，他自小受到母亲高压的对待，兄弟及皇族的亲戚很多人死于非命，自己的老婆（太子妃刘氏及德妃窦氏）被杀害且连尸首都找不到，武后当皇帝的时期，一大家子的人被软禁在皇宫，随时有生命危险，我想李旦的心中一定有很强烈要保护好自己亲人的念头与使命，所以对他来说，亲情会比权力更重要一些。
在政变后的政治情势上，李旦虽然没有绝对的权力，但名义上他毕竟是帝国的统治者，所以他的想法还是会起很大的作用，而在这时，他最大的愿望就是希望妹妹跟儿子能和平相处，但他不知道，世界上最难分享的就是权力，世界上最容易引起争夺的就是权力，李旦试图平衡，但这样的态度却造成更大的纷争，最后走到他最不愿意看到的结局。
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02太子之争攻防战
李旦第二次登基后首先面临的问题是该立誰当太子的问题。按传统，李成器是嫡长子，应该立他为太子，但三子李隆基立下大功，自己这个皇位还是靠他挣来的，不立他，不只说不过去，而且怕以后就没有人帮自己卖命了，所以李旦很苦恼，一下子无法作决定。
李成器了解父亲的苦恼，他心里想，自己的才能功劳都跟弟弟没得比，更何况弟弟在立此大功后声名、威望都远在自己之上，就算父皇立自己当太子，自己也坐不稳这个位子，还不如主动请辞，还可以卖个人情给弟弟，而且从另一方面来说，自己跟弟弟从小一起丧母，互相扶持，感情深厚，也不忍在此时与他相争。
李成器主意已定，于是到皇宫去，面见李旦后，说：“听说皇上要立我为太子，我个人以为此事并不恰当，皇上认为我是长子，所以考虑立我为太子，但这是在国家太平时的作法。现在国家处于危难之际，而平王（李隆基）立下盖世大功，挽救国家免於倾覆，我认为这时应该立平王为太子，比较符合实际的需要。“除李成器外，刘幽求等跟李隆基一起起事的功臣也纷纷要求应立李隆基为太子。所以李旦原本也考虑立李隆基为太子，所以也从善如流，立李隆基为太子，虽然李隆基多次上疏请求让位给李成器，李旦都下诏不许。景云元年6月27日（公元710年），李隆基被封为太子。
在此同时，李隆基的姑姑太平公主的势力也开始大幅膨胀。太平公主的性格沉稳，决断力强，颇有几分乃母的味道，武则天在位时，很疼这个女儿，但太平公主深知其母亲的手段，所以除了推荐二张给其母亲当面首外，并不敢过份的招揽权势。李显在位时，韦后及安乐公主李裹儿对其也是忌惮三分，而这次诛杀韦氏，太平公主又出了大力，所以李旦对她十分尊重，每次进宫奏事，李旦都跟她谈论很久，宰相有事奏报，李旦常会问，“跟太平公主商量了没有？“然后又问，”跟三郎（太子李隆基）商量了吗？“可见其权势之盛！而她的几个儿子，也都被封王爵。
刚开始太平公主对太子李隆基不是太在意，认为李隆基当太子因为年轻，可能比较好控制，由此也可见李隆基“阿瞒“的称呼非浪得虚名。但不久后太平公主就发现自己错的离谱，李隆基不但英明果敢，还颇有心计，而朝中正直的大臣对他心仪的也不少。太平公主想李旦的性格较恬淡，因此如自己想长期掌握政权，需要立一个比较容易控制的皇子当太子，而现在看起来李成器似乎比李隆基容易控制，于是开始动裕骸碧子不是嫡子，不应该当太子。“没多久后，这样的言论就传遍了宫内外。太平公主暗自得意，想说自己的阴谋要得逞了，殊不知李旦早已考虑过这问题，现在既然已经解决问题了，又有这种声浪传出来，这让他感到很是不快，但李旦也不愿意深入追究，只是下诏书向外解释立太子的缘由并禁止再讨论此事，这样一来，谣言也就逐渐消声匿迹了。
太平公主眼见此计不成，才知道没有那么容易让李隆基下台。这时她开始改变战略，派人渗入李隆基的周遭，甚至李隆基的左右亲信，也有不少遭收买。太平公主把收集到的，对李隆基不利的消息，转报告给李旦，但因李隆基行事谨慎，所以还没有出太大的差错，但李隆基也感到苦恼，想要寻求突破之道，却一时没有好办法，两人就这样僵持了一段时间。
不过耳语攻势久了还是会产生一定效果的，不久李旦就秘密召见太子少保韦安石，对他说：“听说政府官员都纷纷表态表示要效忠东宫，是否有这回事？“韦安石回答说，”皇上哪里听来这样的亡国之言，太子英明仁孝，众人皆知。
皇上一旦疑心太子，则国家必定不安，我认