城中经过这段时间，发现将军府出现血案，函谷将领回城后，立即调兵封住将军府，并分兵看守四门，派副将赴军营处将其余士兵看管起来。
一切就绪后，他们与地方官商议如何写表上奏，奏章说：「臣等出城剿匪，忽闻城中变乱，连忙率军回城营救，在城外与贼人相遇，斩敌首级四十七具，将贼人所抢钱粮尽数抢回。」
「经查，将军府亲兵队长通敌，放贼人进入将军府后，生擒将军后，搜出调兵军令。然后召集诸将而杀之，将军也为国尽忠。现臣等已紧守城门，在城中实行宵禁，以后如何举止，请陛下指示。附，表奏军功名单。」
未几日，函谷弟子萧昆奉旨来此。萧昆被萧峰安置在宫中，一直提拔为禁卫军副统领。耶律洪基因峰城地处三国交界处，为战略重地。因此任命萧昆为峰城将军，委以重任。因为三名函谷将领处惊不变，将损失挽回到最低限度。升三人为峰城副将，分统峰城兵马。
峰城军权此时尽被函谷弟子控制，已经完成预定目标。左子穆率群雄按照计划，前去北院大王势力范围内的另一重镇扶阿城。
辽国兵马共八十万，函谷弟子已经控制住近六十万兵力，只有少数禁卫军、扶阿、圭河、去蒙、鞍山等外共二十余万兵马掌握在北院大王和皇族成员手中。
左子穆等人从易到难，将北院大王统兵将领、领兵的皇族成员逐步除去。半年内，辽国连续被山贼、马贼、绿林豪杰等夺城杀官，让耶律洪基大为震惊，命令萧峰领兵讨贼。
萧峰果然名不虚传，所到之处，贼踪全无，逐渐将贼人赶出境外。北辽满境再无类似事件发生，合民对萧峰才能都是有口皆碑。耶律洪基因萧峰功劳，封他为兵马大元帅一职。
萧峰此时一人之下，万人之上，函谷弟子也在他的提拔下地位逐渐稳固。于虚雨在汴梁闻此情况，命令左子穆部再入京城，同时刺杀朝中重臣与王族男丁。他与童姥、院星竹、康敏、丐帮一千余精锐弟子潜到上京城外，伺机刺杀耶律洪基。
左子穆等人在函谷弟子掩护下，于十月初八，在上京发动了天下震惊的「上京惨案」，辽国王弟、王子、皇族宗亲一夜被杀三十四人，朝中重臣被杀六十三人。但左子穆等人也付出惨重代价，中原二路弟子死伤上百人，北地绿林豪杰死伤近千人。
耶律洪基闻讯大怒，命北院大王彻查此案。北院大王经过排查和汴梁细作消息，将矛头指向萧峰。萧峰见事急，率领部队发动政变，在城中与忠于耶律洪基和北院大王的部队发生激战。
此时上京兵马共有二十余万，其中萧峰控制的部队有十五万，忠于耶律洪基和北院大王的部队不足六万。
在城中混战不止的原因有许多，其中最重要的是萧峰虽然手握兵权，函谷弟子也皆在军中领兵，但是耶律洪基在辽国威信颇高，让士兵去反耶律洪基，萧峰缺少有力的借口。还有一个原因，潜伏在耶律洪基、北院大王处的函谷弟子，因未接到命令，尚未表露出来。
于虚雨所率高手在函谷弟子策应下入城，与萧峰合兵一处，商议大事。于虚雨道：「欲要让辽国士兵损折少些，就要行擒贼先擒王之法。再则，耶律洪基在辽国威信颇高，士兵与其相战时出工不出力，可以重兵攻击北院大王所部，去掉辽主的羽翼。然后将耶律洪基部队分割，暂且不攻耶律洪基所在部队。」
「我们以优势兵力，可以将他们逐一歼灭。待耶律洪基兵寡之时，我丐帮千名高手可以发动，一举击溃耶律洪基。」
萧峰因几年来耶律洪基待他甚厚，不忍取其性命，道：「辽主这些年来对我甚厚，没有做过对不起我的事情。我为天下子民计，不得已而与他为敌，请二弟饶恕他的性命。再则毕竟他是我的岳父，平定辽国后，请二弟善待辽主家人，我在此感激不尽。」
于虚雨道：「大哥说那里话。我们此次平定辽国，自然不会多造杀孽。耶律洪基为一代名主，我必会跟他深谈一次。不然，恐怕即使我想饶他性命，他也会羞愧自杀。此事依计而行，至于最终与耶律洪基对阵时，我出面与他深谈。」
萧峰按照于虚雨的计划分派部队，对耶律洪基的部队只围不攻，合力攻击北院大王所部。萧峰手下士兵对敌耶律洪基时，因为辽主多年积威，都不敢上前。但北院大王在国内威信尚且比萧峰差了一大截，所以士兵接战时就没有那么多心理负担。
北院大王接战不久，二万多士兵很快只剩下五千余人。萧峰领兵过来，高喝道：「大王已经身陷绝境，何必浪费空耗我族中勇士性命，你若出降，我保证你和你家人的安全。」
北院大王怒喝一声道：「你这厮包藏祸心，最为可恶，我宁死也不愿与你同活在这片大地上。」
于虚雨在侧，见萧峰面露愧色道：「大哥不宜在此，让我在此处理此事。」
于虚雨要过萧峰兵符，命函谷弟子传令进攻。
北院大王见身边勇士欲来欲少，心中愤慨不已，但手中兵力太少，欲要杀出重围，也已经不大可能。
于虚雨担心相争损害敌方函谷弟子，传令道：「萧大王命令，旧部反正，擒拿北院大王。」
未等萧峰所部明白过来，只见北院大王身边几员将领，突然出手，将北院大王生擒。大局已定，北院大王手下二千余人，在这几名将领率领下投降。
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