从泰伯起十九传至寿梦继位称王（公元前585年），吴国始有确切纪年。随着吴国的崛起，梅里的都城已日益不能适应国家发展的需要了，而位于太湖东北岸的苏州，由于自然条件十分优越，交通方便，土地肥沃，物产丰富，人口众多，寿梦二十五年（公元前561年），正式将都城迁至苏州。并经过多年的不断经营，具有相当规模。可是由于史籍没有记载，当时城址已无从查考。自此，当时的苏州称为吴国。
公元前514年，吴王阖闾下令伍子胥督造水陆双棋盘格局的城池，自此，苏州的地理位置沿革至今。后越国灭吴，并于公元前379年将越国都城迁到姑苏，战国时期，公元前248年，楚国春申君受封于吴，并以苏州（吴墟）为首邑，为苏州的发展作出贡献，苏州至今有地名黄埭和位于苏州古城王洗马巷内的春申君庙纪念他，并把他作为苏州的守护神供奉在城隍庙内。公元前222年，秦始皇在吴都城设会稽郡、吴县，自此，当时的苏州称为吴县，或有时称为吴州。公元589年，隋改吴州为苏州（以苏州城西姑苏山得名，苏州的名称始此。另姑苏山由吴王阖闾建姑苏台得名，现山上仍有遗迹）。公元778年，唐朝设苏州为江南唯一的“雄州”（唐制州分七等，“雄州”为二等），从此，苏州名称被固定作为通称。公元1113年，宋改苏州为平江府。综合历史变革，苏州有很多的别称：姑苏、吴、吴县、东吴、平江、吴中等等。又由于苏州城内河道纵横，又称为水都、水城、水乡，十三世纪的《马可波罗游记》将苏州赞誉为东方威尼斯。苏州古城被法国启蒙思想家孟德斯鸠称赞为“鬼斧神工”。
明清两代，苏州经历了一段更加繁荣的时期。由于工商业的发展，中心城市集聚大量人口，长期保持在50万以上，最高将近300万市镇人口，城市街区沿几条主要通航河道向外呈放射状延伸，最远处距离城门（阊门）已经超过10华里。所谓“苏州以市肆胜”。明代苏州的浒墅关在全国8个主要钞关中税收额名列第2。当时活跃于全国的徽商这样评价全国的各大城市：“今之所谓都会者，则大之而为两京，江、浙、闽、广诸省（会）；次之而苏、松、淮、扬诸府；临清、济宁诸州；仪真、芜湖诸县；瓜州、景德镇……。”。清代苏州更名列天下四聚（四大商业中心）之一。由于消费人口集中，城外枫桥形成全国最大的粮食交易市场，粮食供应来自长江中游的江西、湖南，一部分通过海路转销浙江、福建。苏州的外港，在明朝是太仓的浏河(通过娄江联系苏州)，在清朝则是上海（通过苏州河联系）。
这一时期，苏州是全国较为主要的文化中心之一，被列为“士大夫必游五都会”之一。明清两代全国状元共出204名，而苏州即产生了34名。苏州籍的名相重臣蔚为大观。在明(1368年-1644年)、清(1644-1911年)两代，苏州建造了许多著名的私家园林，其中有许多为回苏州的退休官员所建，体现明显的士大夫情趣，与北京的皇家园林或扬州的盐商园林有明显的不同。苏州以其精致典雅的文化风格，备受当时人的赞赏。
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