柯尔克孜族。清代被称为布鲁特，天山以北称为东布鲁特，天山以南布鲁特称为西布鲁特。
1758年，东布鲁特五部落归附清朝。1759年，西布鲁特十五部落归附清朝。于是，浩罕汗国以东、伊犁西南、喀什噶尔西北、伊塞克湖周围、帕米尔和喀喇昆仑山一带广大柯尔克孜族地区全部归属清朝政府管辖。1864年，沙俄强迫清朝政府签《中俄勘分西北界约记》后，伊塞克湖、楚河、塔拉斯河、纳林河流域的布鲁特部落被划属俄国。1884年，中俄签订《中俄续勘喀什噶尔界约》，又有一部分布鲁特部落划归俄国。19世纪
90年代，英、俄两国背着清朝政府私分中国领土帕米尔以后，受清朝政府管辖的布鲁特所剩无几。至清末，柯尔克孜族主要分布在今柯尔克孜自治州、乌什、喀什、塔什库尔干塔吉克自治县，以及北疆的伊犁、塔城等地区。
塔吉克族。主要分布于今新疆西南部，其活动中心在塔什库尔干一带。汉唐时期，因其建立蹦盘陀政权，被称为盘陀人，曾隶属于中原王朝统一管辖。宋元及其以后，先后受喀喇汗朝、西辽、蒙古帝国、察合台汗国、叶尔羌汗国的统治，称为色勒库尔人。清朝政府统一新疆后，设色勒库尔五品阿奇木伯克等，管理地方事务，受叶尔羌办事大臣直接管辖。语言属印欧语系伊朗语族。
汉族。从西汉时期始，大批汉族人相继进入西域，魏晋南北朝时期主要聚居在楼兰、高昌。唐代聚居在伊、西、庭三州及四镇之地。后来，大批汉族人被融合于当地民族之中。清朝统一全国后，新疆汉族人口大量增加，成为农业开发的生力军。主要分布在巴里坤、木垒、奇台、乌鲁木齐、昌吉、玛纳斯、伊犁地区。随着屯垦事业扩大，内地民众陆续迁往南疆各地，喀喇沙尔(今焉耆)、吐鲁番、哈密、和田等地，汉人逐渐增多。至清末，汉族已分布在全疆各地。
回族。清代称新疆的回族为“汉回”。清代前期，因屯垦、被遣送等到新疆的回族居民主要分布在北疆乌鲁木齐、昌吉、米泉等地，经商者也到南疆叶尔羌(今莎车)、喀什、阿克苏、库车等地。1877年清朝平定阿古柏后，回族被安排在喀喇沙尔，使喀喇沙尔成为回族聚居区之一。至清末，回族已遍布全疆各地。
满族、达斡尔族、锡伯族。清代由内地迁入新疆。满族，从清朝用兵新疆起，就不断有满族人进入新疆，包括官员、驻防军队、家属及屯垦人员等。锡伯族、达斡尔族，原居住在我国东北地区。1764年，清政府从东北调遣锡伯营、索伦营到新疆伊犁、塔城一带驻防。辛亥革命以后，满营、索伦营、锡伯营官兵退伍为民，形成新疆的满族、锡伯族、索伦族，主要分布于伊犁、塔城、乌鲁木齐、古城(今奇台)等地。1953年改索伦族为达斡尔族。乌孜别克族、塔塔尔族、俄罗斯族，是清代从外国迁入新疆的。
18世纪初，乌孜别克人在中亚费尔干纳盆地建立浩罕汗国。1759年，浩罕首领额尔德尼向清朝将领兆惠奉表称臣，成为清朝藩属。乌孜别克人到新疆经商，被称为“安集延人”，他们积聚财富，自置产业，有的承种地亩或自行开垦，娶妻生子，成为土著，分布在南疆各地。1864年，浩罕军官阿古柏入侵新疆，建立“哲德沙尔”侵略政权。浩罕人相继进入新疆，阿古柏政权灭亡以后，大部分滞留在了新疆。先后进入新疆的“安集延人”、“浩罕人”形成了我国的乌孜别克族。
19世纪中叶，随着俄国对中国西北地区的侵略扩张，俄罗斯人相继进入新疆。俄国十月革命以后，有更多的俄罗斯人进入新疆定居，并形成一个民族，被称为“归化族”，主要分布在伊犁、塔城、乌鲁木齐等地。中华人民共和国成立以后，定名为俄罗斯族。
塔塔尔族。史称“鞑靼”。蒙古强盛时，随蒙古大军西征欧洲，至伏尔加河流域，15世纪中叶建立喀山汗国，1552年被俄罗斯征服。19世纪中叶，随着大批俄罗斯商人和移民进入新疆，不少塔塔尔人也迁至伊犁、塔城和乌鲁木齐等地区，形成居住在新疆的塔塔尔族。清朝末年，新疆13个主要民族及其分布格局最终形成，这是新疆各民族历史长期发展的结果。
塔城各族人民的抗俄斗争
1851年8月6日，沙俄政府强迫清朝政府签订了新疆近代史上第一个不平等条约，即《中俄伊犁、塔城通商章程》。俄罗斯商人利用此章程，在伊犁、塔尔巴哈台(今塔城)建造贸易圈。名为贸易圈，实为沙俄建在新疆境内的侵略据点。
雅尔噶图金矿在新疆境内，位于塔城西南，因雅尔噶图山得名。此矿早已由塔城一带的人开采。1853年9月(清咸丰三年八月)，原任塔尔巴哈台参赞大臣丰绅遵照户部的安排，动员当地民众广为开采，并给予经费资助。沙俄侵略者对雅尔噶图金矿垂涎三尺，他们擅自派人到雅尔噶图，无端制造金矿主权纠纷。硬把雅尔噶图金矿的主权说成是他们的，毫无道理地干涉中国矿工开采金矿。
1854年9月，沙俄再次行文伊犁将军，再次否认中国拥有雅尔噶图主权，执意要将挖金之人全部撤走。矿工均为塔城回、汉等各族人民，他们没有屈服，为捍卫祖国的主权，继续坚持进山开采金矿。沙俄侵略者对坚持采金的矿工以及当地民众进行血腥镇压，