但是作为遣散人员，诸军之中的那些在各地讲武堂结业的学员兵们，却被肖天健要求尽数保留了下来，这些人乃是肖天健好不容易培养出来的职业军人，不同于一般招募的兵卒，他们每个人都接受过严苛的训练，对于大中朝和肖天健都非常忠诚，战场上表现的也非常勇敢，一旦将他们裁撤回家，那可就让肖天健心疼大了。
趁着这次南方平定和裁军的机会，肖天健又一次对大中军进行了一次结构性的调整，对大中朝各地军队进行了重新编列，按照原来大中军推行的五五编制，对诸军进行再一次的整编。
大中军现在基本**作战单位是师一级的作战单位，每个陆军师除了编入五个标准战兵营之外，还另外编入一个师属斥候连，一个师属炮兵营，一个师属辎兵营，一个师属工兵连。
而一个营则下辖五个战兵连，一个斥候小队，一个营属炮兵连，如此类推，使得一个整编师齐装满员的话，兵力达到一万人左右。
另外在师一级的作战单位之外，增设一个团一级的**作战单位，通过裁撤一些部队的同时，以留下的人员组成**骑兵团、**工兵团、**炮兵团、**辎兵团等**兵种的部队，平时不编入作战师，但是在战时可随时按照需要，将这些**团编入到作战集团之中，作为补充和加强使用。
对于多出的人员进行裁撤，不足的人员进行以其他军中裁撤之后留下的精兵进行补充，使之都达到齐装满员状态。
原来大中军共划分成了四个镇军外加一个战区，另外还有一个直属近卫军，这一次趁着整编的机会，肖天健又一次对大中军进行了重新划分。
取消镇军称呼，并且效仿后世称呼，将镇军改称为军区，成立西北军区、中原军区、北方军区、西南军区、东南军区、辽东军区以及一个近卫卫戍军区，共七大军区。
军区长官的称呼也改称为军区司令长官，下设一个参谋长直领一个军区参谋部，另设两个副司令长官，来构成军区指挥系统，根据其作战任务的强度不同，各辖四个到七个作战师不等。
西北军区还是主要负责陕西、山西一带的防务，司令长官继续由阎重喜担纲。
北方军区主要负责河北、宣大、山东一带的防务，司令长官由刁正担纲。
中原军区主要负责河南、湖广、南直隶一带的防务，司令长官继续由刘宝担纲。
西南军区则主要负责四川云贵三省的防务，司令长官由李栓柱继续担纲。
东南军区则主要负责浙江、福建、两广一带的防务，司令长官由石冉担纲。
辽东军区则主要负责辽东一带的军务，司令长官由罗立担纲，但是暂时辽东还被建奴控制，辽东军区暂时驻于已经改称为北平府的顺天府和永平府，一部分暂时驻于山东登莱一带，下一步大中军势必发动第二次北伐，光复辽东之地，辽东军区方能移驻到辽东。
还有一个近卫卫戍军区现在情况比较特殊，暂时驻在南直隶，负责拱卫现在的临都南京，和中原军区防地有所交叉，但是大中朝已经决定，今后会定都北京，所以今后卫戍军区会随着都城的迁都，也会移至北平府驻防，第一任司令长官由刘耀本担纲。
至于其他跟着肖天健出身的陆师大将们，则基本上都出任了各军区的副司令长官，但是因为赵二驴因为和李栓柱素有间隙，肖天健将其调至了东南军区做了石冉的副手。
本来肖天健是想要让罗汝才出任东南军区司令长官的，这作为他对罗汝才这么多年来，对他一直俯首帖耳鼎力支持的一种嘉奖，但是在年初攻打云南之战中，罗汝才却在军前得病，险一些丢了性命，虽然后来在一些名医的努力下，保住了性命，但是身体却大不如从前了，罗汝才自己也知道没法继续在军中干下去了，平定云南之战结束之后，罗汝才便主动请辞，要求回乡荣养。
于是肖天健只好授罗汝才为定南伯，准其退出军中，并在南京城授其一座大宅，作为他退役之后荣养之所，并且由大中朝终身供养，作为对罗汝才这些年来功劳的回报，罗汝才欣然同意，就此退出了军中，回到了南京城荣养。
但是就在这次的大整编定下来之后不久，阎重喜也因为旧伤复发一病不起，无法继续担任西北军区司令长官之职，于是也请辞退役，肖天健感念于阎重喜劳苦功高，准其退役，授其为三等平西公，在洛阳授其府邸，供其颐养，西北军区司令长官则改由李凌风继任。
除了陆师之外，海军方面也进行了整编，原本统一的海军，以松江府长江口为界，划分成了北方海师和南方海师两个部分。
刘江出任海军总司令长官，原海军大将萧如风出任北方海师司令长官，刘岩明出任南方海师司令长官。
原来海军船只和人员重新划分，将一批兵将和船只划拨到了原本实力很弱的北方舰队，大大扩充了北方舰队的实力。
而北方舰队的总部则没有选在原本设施比较好的登州，而是被肖天健指定选在了浮山所，也就是后世的青岛，另外船队的驻地也选择在了浮山所和威海卫以及登州三地，作为