巩家禄等少数赞赏迁都的大臣认为，由于新都距离防御蒙古人的长城很近，朝廷可以有效地管理和调动军队，抵御北元的侵略，有利于国家的稳定。
一个大臣反驳道：“大规模迁都北京，一方面给朝廷的财政造成巨大的压力，另一方面北京地位的陡然提升，令整个北方防线在向内收缩的同时也向北京集中，反而破坏了太祖在北方边防的均衡配置。”
另一个大臣接着说道：“中原相对于江南贫困十分明显。北京作为一个巨大的消费城市，无法就近解决大量需求的物资，必须依赖大运河从江南转输。”
赞成迁都的一个大臣说道：“东北和西北的虏患太多。太祖在位的时候采用分封诸王来对付虏患，但是收效甚微。北京北枕居庸，西峙太行，东连山海，南俯中原。沃壤千里，山川形胜，足以控四夷、制天下，诚帝王万世之都也。大元的残余势力还在北方流窜，把都城设在北平可以加强北方的军事防务。”
巩家禄低声对朱棣说道：“江南士族大多是前皇建文帝的支持者。他们对您误会很多，积怨很深。如果继续呆在应天府，对您很是不利。只有回到您当初的封地北平才更有利于政权的巩固。”
朱棣忍着性子耐心地向诸位大臣说道：“首先，在古代历史上，北方的黄河流域长期是政治、经济、文化上的重心。早在夏商周时期，当时王朝的活动中心就集中在这里。春秋战国时期，北方更是大小战争的主战场。这也表明了北方中原的重要性。自从秦朝统一六国建都咸阳后，大部分王朝都会优先选择在北方建都。即便是被北方游牧民族打到南方和本来就是南方的割据政权，一般也会选择靠近北方的城市建都，比如应天府、临安等。
其次，在交通上，南方地区因为河流众多，水运依赖于木船，航运速度缓慢。因此，将都城建立在南方显然不利于管理天下。北方地区因为平原众多，地势相对平坦，加上陆路运输比较成熟，都城建立在北方也是方便对周边国家进行威慑。进一步来说，在大宋之前，人口和人口密集的大城市也都是集中在北方地区。将都城选择在长安、洛阳、汴梁等大城市也有助于增强都城的政治、经济、文化、军事等方面的优势。
再者，在历史上，水灾一直是威胁百姓生存的重要自然灾害。历史上那么多王朝选择将都城建立在相对干燥的北方地区，比如大汉的长安等，也有预防水患的考虑。虽然大宋曾将都城建在汴梁，但是，因为黄河水患的影响，此后的朝代再也没有选择在这块区域建立都城。
进一步来说，北方的地势相对比较高，在传统文化中更是被认为是龙脉汇聚的地方。从地势高的地方向地势低的发动战争总是相对容易点。这也是众多的南方政权难以打败北方政权的地理因素之一。
最后，在历史上，天子守卫社稷是一项传统。不管是大秦、大汉，还是大宋，北方的游牧民族都对中原形成了巨大威胁。将都城设立在北方也是将军事、政治、经济中心北移，从而有助于集中资源来抗衡来自北方的入侵。反过来说，如果天子都跑到南方过安逸日子的话，对守卫北方边关的将士显然不是一件振奋士气的行为。所以，将都城迁到北京是对北方游牧民族的震慑，也是彰显强硬的态度。”
朱棣停顿了一下，最后大声地说道：“朕曾经以北京为基地多次讨伐大元的残余势力。北京在军事指挥上的优点是处于后方的南京无法比拟的。我们再也不能像西晋、大宋一样放弃北方而苟安江南了。”
但是，反对迁都的声浪一浪高过一浪。
朱棣果断地采取措施，对那些反对迁都的官员进行了惩戒，以强权铁腕推行迁都。从此，没有人再敢公开反对迁都了。
1421年，整整进行了18年的北京建设正式完工了。
2月2日，朱棣下诏公示天下，大明王朝迁都北京，改应天府为南京。
北京紫禁城高大巍峨的奉天殿里，身穿龙袍的朱棣踌躇满志地端坐在龙椅上，朝会百官，发号施令，信心百倍。
从此，北京成为了世界瞩目的帝国京师。
北京的皇宫以南京的皇宫为蓝本，规模上则更胜一筹。新修建的北京城周长45里，呈规则的方形，符合《周礼考工记》中理想的都城形制。
朱棣迁都北京以后仍然保留了南京的都城地位，并且保留了一套中央机构，设六部、都察院、通政司、五军都督府、翰林院、国子监等机构。官员的级别也和京师相同。北京与南京合称二京府。
1421年的夏天，北京天气闷热，雷雨不断。
一天，一道刺眼的闪电划过了紫禁城的上空，击中了建好不过百日的奉天、华盖和谨身三大宫殿，引起了一场罕见的大火。
大火焚毁了三大宫殿，也灼伤了人们的心灵。
朝野一时间议论纷纷。
朱棣惶惶不知所措，以为自己的德行、操守和为政真的存在缺失，才惹得天怒人怨，以至于用雷电来警告自己。
为了使天意回转，朱棣决定广开言论，认真听取大家的建议和意见。令他没有想到是这场大火使“还都派”又登上了台面。
大臣们上书没有说皇帝的道德不行，也