之前设立的尚契司被正式改为尚玺寺，这是因为契只是大顺官方使用的符券契章这四种印的第三等缘故。所谓尚玺寺，就是明朝原来的尚宝司，掌宝玺、符牌、印章。
明朝的太常寺、鸿胪寺则改为礼政府下属，因为太常寺管宗庙礼仪，鸿胪寺管朝会仪节，都跟礼政府职能密切相关，因此相近职能机构改制倒不奇怪。
掌管车马的太仆寺改名为验马寺，翰林院改名为弘文院，御史改名为直指使，通政司改名为知政使，中书科改为书写房，虽然只是换了个名字，不过意义却大不同，突出了未来的重点和方向，预示着某些微妙的变化。
最大的变化还是文谕院，文谕院是由吏政府文选司升格，表明了李自成强化控制文官选拔的决心。
由于大顺军这时候已经占据了相当广阔的领地，除了湖广和河南以外，整个西北地区，包括陕西、甘肃、宁夏、青海一带，全部归于大顺的版图。大顺军占领地区已经包括好几个省分，很有必要广设节度使和经略使了。
不久，又仿照明朝巡按御史的制度，在各省加派巡按直指使，代表中央司监督之责，如以明临汾知县刘达为陕西巡按直指使，介休知县李若星为山西巡按直指使。其他道、府、州、县设防御使、府尹、州牧、县令等官，与开封时期相同。
具体是以罗汝才为西北经略使兼陕西节度使，以明朝的绥德州知州周士奇为榆林节度使，以明朝的监军道陈之龙为宁夏节度使，以明朝的关西道周伯达为甘肃节度使，以闯军中营大将西和伯辛思忠为西宁节度使，以明朝河南道监察御史韩文铨为山西节度使，以明朝降官梁启隆为河南节度使，又以李来亨的部将广济伯谷可成为山东节度使。