除了三个阁老，朱慈烺原来的老师陈锐每天也要到大元帅府办公，他现在的官职换成了兵部尚书。因为大元帅府的出现，兵部的职权几乎全被侵夺，但并不意味着朱慈烺不需要兵部这个招牌了。
通过大元帅府军令卫下达的命令，只在忠义军和大元帅府海军的系统中管用。对于其他的明军部队，暂时还得用兵部行文或圣旨的名义去调动。所以兵部还是很重要的，只是从掌管天下兵马的衙门变成了替朱慈烺传令的衙门。
一番操作之下，内阁和六部几乎就合并在了一起。除了兵部尚书之外，其余五部尚书就是大学士。而兵部尚书虽无大学士之名，但是一样出席内阁大元帅府会议，一样可以出谋划策，也成了实际上的阁老。
而朱慈烺这个太子，则有点当年太祖高皇帝废除宰相，大权独揽时候的样子把阁老和尚书都变成了自己的幕僚，至少在大沽口的这几日中，还没有哪个文官挑战过朱慈烺的权威。