除了已经抵达忠县的部队外，还有三万清军早就渡过嘉陵江，随着李国英一声令下他们就开始向东进发。不过和遮遮掩掩的先遣队不同，这些清军正大光明地沿着江岸前进，完全不怕被过往的明军船只发现。在已经渡江的陆军向东进发的同时，李国英还突然打开了封锁嘉陵江的铁链障碍，在重庆后方躲藏了一年之久的嘉陵江水师涌出江口，毫无顾忌地驶入长江。
在清军松开锁链，让船只一艘艘驶出江口之前，过路的明军船只就发现了清军的异常。而看到清军水师一反常态地驶出江口，而且后面似乎还有大量船只跟进的时候，明军的船只也都选择了保守战略，分别向上下游避让开。
主持誓师的李国英会带着标营和后队在几天内渡江东进，开出嘉陵江的清军船只中有不少满载着辎重，它们会在战舰的保护下直奔忠县，在那里卸下粮秣、火药和辅兵。李国英煞费苦心地筹划这次进军，为了更高效和迅速地向万县进军，必须利用水运，而为了保护船只，李国英派出了先遣队到预设地点搭建水营，让陆军给船只提供掩护。
这些陆军搭建的水营能够让嘉陵江水师休息、躲避，获得补给和修理的机会，有了陆军配合，明军水师如果优势不大的话，不能给清军的水师和水运构成太大的威胁。相反，清军的水师反倒能够严重地威胁那些远离基地的明军船只，如果它们负伤受损，周围都是清军陆军出没，这些明军船只很可能会被李国英直接俘获。
不过若是陆军出现得太早，那就会引起万县的警惕，一旦发现清军在忠县周围大肆修筑水营，那袁宗第肯定会知道嘉陵江水师打算大举出动，这既会让万县提高警惕，也可能导致袁宗第向邓名求助。因此李国英仔细设计了一番，先遣队秘密出发，尽可能保证在先遣队开始建设水营的时候才让嘉陵江水师出发。
看到清军水陆并进后，万县和川西水师都感觉来者不善，这些本来就是为了护航而出动的战舰实力也不算雄厚，未必啃得动抱团而进的嘉陵江水师。而且嘉陵江水师和甘陕绿营紧密配合，顺流而下的水师后面就是三万沿着江岸东进的绿营，明军就算打伤了清军的船只，它们也很容易获得帮助和修复。
就这样，长江航运被暂时一分而二，见到清军一年来首次的大举出动后，位于重庆西面的明军船队都停止了继续下行，护航的战舰挡在前面掩护身后的盐船，让返回叙州的货船向叙州知府衙门报告军情，申请更多的援军。被迫停下来的明军舰队当机立断，在綦江周围建立了一个临时营地，等待后方的进一步指示。
不过开出嘉陵江的清军水师并没有丝毫向上游发起进攻的模样，他们一窝蜂地涌向下游。根据李国英的命令，当他们在忠县卸下货物后，还要尽快折返帮助清军陆军东进。而战舰应该以忠县为基地，设法建立起一道针对万县的江面屏障。
确定清军舰船大举东进后，重庆下游的明军水师也不断后退。重庆周围没有明军的基地，一旦航线被切断，那上下游的明军就失去了联系，不知道另外一侧的水师如何行动。而在这种情况下，稳妥的后退显然是更好的抉择。
明军的水师一直撤退过忠县，发现清军正在这里大举修筑水营，几天前还是哨所、驿站规模的清军据点突然出现了数千人马，水营的营墙以可见的速度被修筑起来，甚至还有两门小铜炮也被拖上了炮位。
顺流而下的清军水师和江岸上的清军陆军行军速度相差极大，前者甚至可能达到后者的十倍。在不断的后退中，明军也注意到清军很多船只都是满载，里面不是装着大量的珍贵辎重就是整船的士兵。在需要掩护的货船全速驶回万县后，几艘更强大也更坚固的明军战舰就有阻击一下清军水师的念头。但他们一开始还指望清军水陆两军因为行军速度差异而自行分离，让明军有更好的机会攻击那些清军的船只，但看到忠县的部署后，明军发现嘉陵江水师依旧没有远离他们陆军同伴的掩护。
至此明军战舰也就放弃了所有的求战意图，和货船一起全速返回下游万县——虽然清军的战舰比较小，但数目众多，万一桅杆被清军水师打坏就会影响速度，而再大的战舰若是搁浅就会被围上来的清军步兵消灭。
在清军出兵的十几个时辰后，第一艘报警的船只就赶回了万县，再过了不久，袁宗第就得知忠县的清军都出现了异动。
“来势汹汹啊，李国英想干什么，是想增援忠县吗？”这一年来重庆附近的清军过得很不好，由于水师的劣势，导致重庆难以补给忠县这个先头阵地。为了减少负担李国英把忠县的大部分驻军都撤回了重庆，只留下最基本的防御兵力。
而川西水师返回后，忠县的清军更是苦不堪言，有了余力的万县水师在忠县两边频繁登陆侦察，让重庆到忠县的补给线变得更加不稳定。而且袁宗第还把从邓名那里获得的战马补充给了斥候部队，得到大大增强的明军侦察部队进一步压制忠县的守军，让清军出外樵采和狩猎的范围都严重缩小。
曾经有好几次，袁宗第都在考虑动员部队去攻击忠县，拔掉这个前沿钉子了。只是因为航运繁忙，而且忠县也没有清军的任何船只，陆军也很有限，所以袁宗第才没有立刻发起攻击；再说忠县的侦察能力也极度萎缩，顶多能起到一个为重庆预警的作用