从兴元元年（784年）十月德宗令窦文场与王希迁两位宦官任神策军左右厢兵马使，便重新开启了宦官把持军权的历史。此后德宗重建神策军的步伐继续前行。贞元二年（786年）九月，德宗对实力日益强大的神策军从组织结构上进行了改编，将原神策左右厢扩充为神策左右军。设置大将军二人，正三品；将军二人，从三品。《唐会要》卷72《京城诸军》：“贞元二年九月二日。神策左右厢。宜改为左右神策军。每军置大将军二人。秩正三品。将军各二人。从三品。其职田棒钱手力粮料等。同六军十二卫。”另外设置“监勾当”的职位，令中宫充任。使得宦官对神策军拥有一定的领导权，但此时的神策军并非完全由宦官执掌，“监勾当”的职位表明其性质仍为监军。而神策军大将军与将军对神策军也有指挥权。《册府元龟》卷134《帝王部·念功门》：
“三年十一月癸亥，以神策军大将军莫仁摧为左晓卫上将军。丁卯，以河东兵马使兼御史大夫张元芝为神策军大将军。己已，诏：‘奉天定难功臣、左神策将军兼御史大夫武陵郡王孟日华于洪州安置，仍赐绢百匹，充家口路粮，至彼委本道都团练使给十人衣粮，以时存问’。初仁摧出官，日华自谓代之，既授张元芝，日华忿于众曰：‘吾于国有功，且久次当迁，今以大将军授元芝，吾宁贬黜不能事也。朝廷用人失序，何以致理。’大垢拂衣而出。监军窦文场大怒，列状请诛。帝念其功，故黜谪之。”
从这段史料中可知神策军大将军莫仁耀和将军孟日华在神策军中是拥有一定实权的，而宦官的权力虽然没有达到直接处置神策军将军的程度，但由于皇帝的信任和支持完全掌握神策军也只是时间问题。
神策军的控制权完全交予宦官是在贞元八年十一月，以左神策军大将军柏良器左迁右领军为标志，自此宦官开始全面掌控神策军。
“左神策大将军柏良器，募才勇之士以易贩篙者，监军窦文场恶之。会良器妻族饮醉，寓宿宫舍。十二月，丙戌，良器坐左迁右领军。自是宦官始专军政。”
贞元八年后，原神策军大将军与将军再无实权成为了一种虚职。宦官集团虽然掌握了神策军的全部权力，但在职位设置上来说，其仍然是监军性质，没有名正言顺的职位。故而在贞元十二年（796年），唐德宗专设左右神策军护军中尉一职，以窦文场和霍仙鸣充任。“以监勾当左神策窦文场、监勾当右神策霍仙鸣皆为护军中尉，监左神威军使张尚进、监右神威军使焦希望皆为中护军。”
神策中尉的设立，标志着宦官集团典兵的制度化。宦官从李辅国开始初掌禁兵，后经过程元振、鱼朝恩相继领兵，但这些权阉都是凭借自己的个人权势执掌禁军，属于个人行为没有形成制度化。故而这些权阉的个人权势一旦消失，宦官典禁军的权力也可能随之消失，如鱼朝恩死后便不再由宦官典军。但神策中尉制的设立，就意味着宦官集团不再是凭借个人权力来掌控禁军，而是通过正式的行政职务用正规的制度来控制军队。这样就使得整个宦官集团与神策军紧密的结合起来成为一体。即使中尉易人，也不会影响神策军与宦官集团的关系。但同时也应该看到德宗虽然将兵权交到宦官手中，却将神策军分为了左右两军且分别由不同的宦官充任，使得神策左右军之间有所制衡，不至于出现肃代时期由一人独掌禁军的情形，最大限度的减轻了宦官集团对于皇权的威胁。
所以神策中尉制的建立，无疑是中唐以降在中央政局权力分配上发生的一件有深远意义的大事，以制度化的方式确立宦官典兵制度。虽然德宗将神策中尉由两位宦官出任，但将禁军与宦官集团结为一体的事实却使得宦官的势力大为增长。因而司马光对于唐代宦官势力专权“成于德宗”的论断是正确的，德宗以后宦官得势，其后十一位皇帝中竟然有八位是由宦官拥立的，可见神策中尉制对于唐朝历史的影响是极其重大的。