由于染料之战波澜不惊，于是国人的注意力依旧在新上任的段祺瑞政府身上。
段祺瑞首先是裁撤了陆海军大元帅统率办事处，这是袁以总统的身份抓军权的机构，袁在世之日和段闹得最不愉快的，就是这个机构，黎当总统，段自然不能再让这个机构存在，所以首先废除了它。随即，段祺瑞命令徐树铮为国务院秘书长，令王式通为国务院参议。徐树铮是段的智囊，倚为腹心，却又是袁所最憎恨的人。段出任国务总理时，就为了要派徐树铮为国务院秘书长而和袁闹得极不愉快，现在是段的天下了，徐树铮当然要先掌大权的。这正合了一朝天子一朝臣的古话。
紧接着，段祺瑞又下令裁撤京畿军政执法处，这是袁的特务机构，也是被各方最痛恨的机构，段为了收揽人心，所以先裁撤了它。随即又废国务卿名义，仍恢复国务总理，裁撤参政院和平政院所属的肃政厅。
之后便是北洋政府人事大改组，外交总长、交通总长曹汝霖，内务总长王揖唐、海军总长刘冠雄、司法总长、农商总长章宗祥、教育总长张国淦辞职照准。以唐绍仪为外交总长、许世英为内务总长、陈**为财政总长、程璧光为海军总长、张耀曾为司法总长、孙洪伊为教育总长、张国淦为农商总长、汪大燮为交通总长、段祺瑞自兼陆军总长。唐绍仪未到任以前陈**暂兼外交总长，张耀曾未到任前，以张国淦兼司法总长。
随即再局部改组，以孙洪伊为内务总长、范源濂为教育总长、许世英为交通总长。改派谷钟秀为农商总长，张国淦转任总统府秘书长。
7月6日对于各省军政首长的名称加以修改，在官制未定以前，各省督理军务长官改称督军，民政长官改称省长。令张作霖为奉天督军，孟恩远吉林督军，李默涵山东督军，赵倜河南督军，阎锡山山西督军，冯国璋江苏督军，张勋安徽督军，李纯江西督军，李厚基福建督军，吕公望浙江督军，王占元湖北督军，陈宦湖南督军，陈树藩陕西督军，蔡锷四川督军，陆荣廷广东督军，陈炳焜广西督军，唐继尧云南督军，刘显世贵州督军。令朱家宝为直隶省长，郭宗熙吉林省长，毕桂芳黑龙江省长，田文烈河南省长，沈铭昌山西省长，齐耀琳江苏省长，倪嗣冲安徽省长，戚扬江西省长，范守佑湖北省长，张广建甘肃省长，杨增新新疆省长，朱庆澜广东省长，罗佩金广西省长，任可澄云南省长，戴戡贵州省长，胡瑞霖署福建省长，李默涵兼署山东省长，张作霖兼署奉天省长，吕公望兼署浙江省长，陈宦兼署湖南省长，陈树藩兼署陕西省长，蔡锷兼署四川省长。令朱家宝兼署直隶督军，毕桂芳兼署黑龙江督军，张广建兼署甘肃督军，杨增新兼署新疆督军。令湖南督军陈宦迅速赴任，未到任前以陆荣廷暂署，广东督军陆荣廷未到任前以龙济光暂署。令授李烈钧勋二位，陆军中将加上将衔。
直到这道政令的发布，李默涵算是名正言顺地把山东军政大权抓到了手里。