袁世凯知道临时政府之所以委他国防部长的要职，就是因为他对北洋军的掌控。如果发生兵变，不仅使他的威望在国人心中大打折扣，也意味着他对北洋军失去控制，那他还有什么价值？
因此。袁世凯一面频发电报，软硬兼施地要北洋军将领服从大局，不可轻举妄动；一面调回段祺瑞。命令他前往各部督促服从。
但袁世凯万万没有想到，兵变竟然是在北京爆发。就在他的眼皮子底下。而这沉重的打击，竟然是他的儿子袁克定策划指使，实在是坑爹之至。
据《时报》所载：晚八时，齐化门外所驻第三镇之九标炮辎各营兵变，攻入齐化门，因传说将下剪发令，又因军饷未发，遂尔哗溃。又闻枪声甚急。火光再起，变兵大肆抢掠，以东四牌楼一带为……至三时后，各处火势渐衰，枪声渐少……
北洋陆军第三镇以索饷为名发动兵变，结果是商民遭抢劫者千余家，京奉、京汉铁路局，大清、交通、直隶三银行亦遭劫掠，损失惨重。
到了第二天早上，蒙在鼓里的袁世凯见到儿子袁克定。连连叹息：“予练兵三十年，威信一旦丧矣！”却没想到，袁克定正是坑爹的罪魁祸首。而袁克定心里还暗自得意，觉得此举必可抬高乃父身价，并能要挟临时政府，争得更好的条件。
但事实无情地给了袁克定接连的打击，北京兵变不仅没有达到他预期的目的，反倒给袁世凯惹来了更大、更多的麻烦。
各家报纸陆续刊登有关消息，国内的《大陆报》称“袁世凯之威望因此顿失”；《时报》指出“兵变蔓延，袁世凯之咎无可辞矣”；莫理循在报纸上发表文章，写道：“袁世凯最亲信的士兵和卫队也参加了这次兵变。使我感到痛心已极。我一直认为第三师是可以完全信赖的……人们在过去几个月里一直把袁世凯说成是大局的希望，但这整个事件对于袁世凯来说是丢尽了脸。”
在如此严峻的形势下。京城气氛也非常紧张。《顺天时报》曾描述道：“今日寄寓京师之官绅商民，虽饮食起居间。无不抱有恐慌不安之念，是身在京邸中，而心在惶惧中也。试与商贾谈市面情况，皆以金融滞塞，商业萧条，大有联袂歇业之势。试与官吏论官场近状，群谓大局危急，眷属先徙，大有朝堂一空之势。”
清帝逊位前后，因担心禁卫军反对，致起暴动，袁世凯特调第三镇军到京维持秩序，“然自该镇军到京，一次与禁卫军冲突，二次与毅军私斗，三次打毁戏园，以致京师人心，一慑于炸弹之倏发，二恐满军之反对，其胆小者又相率而逃”。
兵变同样使列强深感失望。兵变发生的第二天，驻京外交团团长英国公使朱尔典便立刻给袁世凯发去英文密函一件，诘问袁“能否保护各国人等之生命财产，请即日答覆”；美国政府驻京代表则倡议，“以中国既经共和，而北方各处尚有扰乱，袁世凯之力实不足以维持，拟请各国政府派兵至中国，分别保护；或是请临时政府来稳定局面”。
在列强的发难诘问中，袁世凯不得不向外交团致送英文道歉信，表示“保护京师治安，实有重责，今变起不测，各外交团忽受虚惊，不胜歉仄。”
与此同时，袁世凯把曹琨叫去，询问事情原委。曹琨当然不敢把袁克定招认出来，因此被骂得狗血淋头，才狼狈而出。
至此一变，临时政府严斥北洋军纪律松驰、劫掠扰民，形同匪类；又向袁世凯发难，威胁要停止和谈，以武力解决问题。
在内外的压力下，袁世凯一边严令北洋各部将领约束部队，听从号令；一边命令北洋第二军按期调动，并让开道路。同时，他将曹琨的第三镇调出京城，与禁卫军同驻郊外，治安交由巡警维持。
正如袁世凯所分析，大势已不可逆转，连美德都被拉拢过去，英国人也不得不向临时政府表达善意。既然已经投诚，就不要搞那些没用的小动作，意气之争，对大家都没好处。
袁世凯深知，无论什么时候，兵变都是历代统治者最大的忌讳，是对统治的最大威胁，在某种程度上，比造反更令统治者焦心。而搞兵变的，除了赵匡胤玩了杯酒释兵权，其他人都没有好下场。
而且，袁世凯练兵起家，深知兵如火，易放难收，北京兵变如果处置不及时，很可能波及到保定、天津等周边地区。到了那个时候，就不是他能控制的了，临时政府恐怕也只有武力平叛这一条路了。缺饷少弹的北洋军成了乱兵，还有什么战斗力？
至于什么国防部长，什么接纳北洋军，都将成了泡影。借着民意、舆论，他和北洋将领都会受到严惩，失去中外支持的北洋集团的下场将极为凄惨。
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妈的，惹出麻烦，还得老子给你们擦屁股。已经归顺了，就老实地听安排，连老帅都要顺应大势，你们算个屁呀！
段祺瑞恨恨地甩了下马鞭，对于内定的陆军次长一职，他还是很满意的，虽然他也希望尽可能保存北洋军这个小团体，但他也知道，革命军绝不会允许一个单独的军事集团的存在。
与革命军在山东战了一场，段祺瑞已经收起了很多狂傲。论武器装备，革命军并不逊于北洋军；论战术技能，北洋军在实战经验上还有欠缺，更不适应堑壕攻防战。革命军呢，不仅有神枪手，使北洋军中下级军官死伤惨重；还在堑壕战中使用了*****