直到一切都顺利完成，杨佺期还是不见周围有任何异动，就明白是怎么回事了，他僵着脸，真佩服桓玄还能当什么都没有发生一样。
再到军营一看，本来准备埋伏的士兵已经索元拉倒教练场上，在比试骑马‘射’箭，面对苦着脸的士兵，杨佺期哭笑不得，告诉他们暂时什么都不用做了。
收到桓玄等人的上疏，朝中又是一阵‘骚’动。这显然是殷仲堪不高兴了，看来殷的实力比他们想象中的要强。
元显还想继续和他们对峙，司马道子已经不想再做计较，解决掉王恭，对他来说已经心满意足了。再问问其他同僚，都说这次王恭已伏法，其他的人不再追究就好。至于诛杀刘牢之、司马尚之之类的就先不管，先恢复殷的官职，如果还要诛杀他们，就再去讨伐殷、桓等人。
总之，在众人的商议下，朝廷对他们三人做了最大的让步。桓、杨依旧是上次诏书所宣的职务，殷依旧为荆州，桓修可以回来了。
并以皇帝名义对殷仲堪下诏于曰：间以以将军凭寄失所，朝野怀忧。然既往之事，宜其两忘，用乃班师回旆，祗顺朝旨，所以改授方任，盖随时之宜。将军大义，诚感朕心，今还复本位，即抚所镇，释甲休兵，则内外宁一，故遣太常茂具宣乃怀。
皇上如此好言相劝，殷仲堪也不好再说什么，就和桓玄等一同回去了。本来，诛杀司马尚之兄弟的条件附在那里的意义就是为了显示我们荆州这边也没有占尽便宜，也做了很大的让步，自欺欺人的举动，早就见怪不怪了。
差点忘了一个人，那就是庾楷，司马道子虽然常常退让，可还是对这昔日好友的背叛耿耿于怀，就没有赦免他。对于王恭的死，桓玄多多少少还是有点迁怒于庾楷，但人家毕竟来投奔自己，就任命他为武昌太守，显然这个官职太小。卞范之劝他不要这样，多个人怨恨自己，没有必要，如果真讨厌庾楷，把他扔给殷仲堪安排就行了，桓玄不听。
桓玄也没什么好抱怨的，见好就收，最后，为了尊重姐夫的意见，他问王愉是愿意跟着自己会荆州还是重回建康。
这可把王愉给难住了，他知道，若跟着桓玄，以后肯定只能看他脸‘色’行事，回建康，肯定会被建康的大臣们小瞧。
桓玄看出他的心事，道：“姐夫不比多心，你是我姐夫，我肯定不会亏待你。”
亏待？看庾楷的后果就知道了，王愉不答。
桓玄有道：“这次举兵，死于‘乱’中的无名士卒尚且不算，王孝伯身亡，庾楷败走，司马尚之兄弟从未赢过，司马元显临阵脱逃，最后太傅也委曲求全，姐夫你只是被我请过来商议而已。”
王愉一听，他这样说也没错，确实，比起来，总会有更狼狈的人，于是，他回到了建康。不出桓玄所料，建康的人除了善后之外，对这次的殷仲堪起兵闭口不谈，王愉官复原职，在去江州以前的职位，在王珣的失意下，他连罪己表都不用写，总之，就是什么都没有发生。
那个劝阻殷仲堪起兵被革职的江绩，朝廷听说他的事迹后就任命他为御史中丞，他也不闲着，又参了桓修一本，说他受了杨佺期的怂恿，没‘弄’清楚状况就胡‘乱’出主意。而司马元显等也怀疑他是为自己的堂弟桓玄说话，就下旨免去了他所有的职位，而桓玄那边也没收到桓修怎么帮助自己的消息，最后把桓修搞得里外不是人。
即便如此，桓修到底还是抱怨桓玄联合殷仲堪，不让自己入荆州，明明都是桓氏的人，而桓玄却帮助外人，亏他还向朝廷为他讨了江州刺史的位置，于是，桓修和桓玄的间隙也产生了。u