因万贵妃不能生育，便逼迫宫中怀孕的嫔妃宫女堕胎，以致宪宗无嗣。后明孝宗朱佑樘出生，在宫中众宫女太监的保护下，长到五岁才得以父子相见。
气急败坏的万贵妃自然不能容忍朱佑樘安然长大，多次加以谋害，刺杀下毒，无所不用其极。朱佑樘的母亲纪氏，一直照顾他的太监张敏，都在父子相认一个月内暴毙而亡。便是在周太后庇护之下的朱佑樘本人，也是几次遭受杀身之祸。
明成化二十三年夏天，已经长到十八岁的朱佑樘在一次微服出宫时忽然消失不见。而幕后黑手直指宪宗宠爱的万贵妃，宪宗怒火攻心，一病不起。而整个事件涉及宫闱秘事，宫中讳莫如深，无一人敢多言。
大臣们即见不到皇上，也见不到太子，群情激奋，要求兴王出来理事，宫中却置若罔闻。而江湖上却掀起了一场血雨腥风，无数的帮派势力被连根拔起，掘地三尺。锦衣卫、东厂纷纷出动，东到大海、南及交趾，西过雪山，北到大漠。索遍天下也要找到太子所在。
而朱见深的贴身保镖，老太监刘荀更是亲自出马，连挑丐帮、金钱帮、漕帮等帮派总舵，要求他们发动帮众找一名十八岁的华服少年。那刘荀的身手如鬼如魅，飘忽来去，直似轻烟。一把浮尘在手，轻轻一击便取了江湖一流高手，金钱帮帮主的性命。张铎在报纸上读到这段时，心中骇然不已。心说这就是创作《葵花宝典》的前朝太监了！若是先读此书，恐怕读者都会认为《笑傲江湖》中的《葵花宝典》，是刘荀所创啊！
而这时的太子朱佑樘已经流落到了河北兴济，他在微服出宫时，受到一伙蒙面人的疯狂围攻，幸好他武功不弱，在护卫的拼死保护之下，眼见无法赶回紫禁城，索性逃出京城。
朱佑樘的祖母太后周氏，怕他为万贵妃所害，不仅对他进行周密保护，也选了武当派的高手，入宫教太子习武，所以朱佑樘文武双全，堪为一代人杰。
在兴济，他邂逅了美丽的女子张采薇，并且在遭到追杀时与张采薇生死与共，结下了深厚的情缘。
在之后长达三个月的流亡之中，朱佑樘走遍了大江南北，结交了一些帮派的青年俊杰，更见识了民间的疾苦，日后执政时才会宽厚仁慈，勤政爱民，才有了大明王朝的“弘治中兴。”
而遇见的各种奇遇，让他的武功突飞猛进，也渐渐察觉出这次阴谋的真相。对朱佑樘恨意不减的万贵妃，联合已经被贬黜的前西厂厂公汪直，在一些被裁撤掉的西厂骨干和江湖势力的帮助下，发动了对太子袭击。便是他的弟弟兴王朱祐杬，似乎也参与其中。
朱佑樘最后在明孝陵与汪直大战时，被打成重伤，被逼躲进老祖宗的坟墓，却无意中炼成了明教的护教神功——九转莲华功和弥勒神掌。日后张铎在报纸上看到这段时，心中大呼，靠，幸亏不是乾坤大挪移，不然老子就太被动了。
神功大成的朱佑樘，初出陵墓时，不期遇见寻到此处的老太监刘荀，两人在误会中交手，后来虽已察觉，却生出较量之心，大战上百回合，却依旧不能分出胜负。
刘荀见朱佑樘神功已成，便一个人飘然而去，先回京城给皇上报信。朱佑樘则在其后，从明孝陵出发，直抵京师紫禁城。更是在紫禁城前与汪直一伙展开一场大战，最后亲手毙掉了臭名昭著、恶贯满盈的大太监汪直，却也身受内伤，造成后来的英年早逝。
回到皇宫时，明宪宗朱见深已经濒临油尽灯枯，而万贵妃在太子失踪一个月后便暴毙而亡。在病榻前，朱见深作为父亲，恳求儿子放过万贵妃的尸骨，放过万贵妃满门。
宽厚仁慈的朱佑樘答应了父亲的请求，不再追究追究万氏一家，连万贵妃的亲弟弟万安，最后也得以善终。一生懦弱的朱见深在得到想要的答复后，一边大笑，一边下令打开史官记载的宪宗实录，命人销毁了这三个月来有关太子失踪案的一切记录，以及奏折，便溘然长逝。
明宪宗成化二十三年九月，宪宗朱见深在对万贵妃的悲伤思念中去世。明孝宗朱佑樘即位，迎娶了兴济人国子监监生张峦的女儿张采薇，是为孝康敬皇后。朱佑樘一生之中再没娶过任何女人，成为华夏历史上唯一一个实行一夫一妻制的帝王。