万历皇帝大怒，命兵部和都察院审察杨镐和刘綖，兵部拟将杨镐和刘綖召回京城问罪，以熊廷弼代替杨镐，熊廷弼十年前曾巡按辽东，在辽数年，核军实、杜馈遗，便得辽东风纪大振，而且熊廷弼是湖北江夏人，属于楚党，吏部文选司郎中王大智力荐熊廷弼代替杨镐，但内阁首辅方从哲竭力为杨镐转圜，说辽东局势未稳，援辽将士去留未定，离乱的辽民要安置，还须杨镐主持大局
次辅吴道南也上疏恳请不要更换杨镐，万历皇帝这才下旨让杨镐继续经略辽东，同时免去杨镐左佥都御史的兼职，刘綖则下狱问罪。
因为杨镐去留之事，方从哲与楚党生了嫌隙，又因兵科给事中赵兴邦与周永春的矛盾，齐党也没有以前那么团结，自去年京察尽逐东林官员之后，没有了共同的政敌，三党之间的矛盾纷争也开始显现。
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四月二十一，已率军退回宽甸的刘綖得到锦衣卫赴辽东拿他入京问罪的消息，不堪受辱，效李广自尽而死。
辽东大会战无功而返，从各地抽调的援辽将士大部分要返回原驻地，东路军由四川、山东和南京的军队组成，刘綖死后，川军由副总兵江万化率领返回四川，其余山东、南京的兵马也陆续返回原驻地，至于朝鲜军队，万历皇帝特遣使者至宽甸对阵亡的朝鲜将士予以抚恤，朝鲜军队于五月初渡鸭绿江归国，徐光启到义州迎接慰问；
杜松从延绥带来的六千步骑伤亡近三千，余众留驻沈阳，重筑抚顺关，杜松取代李如柏任辽东总兵，李如柏之弟李如桢任副总兵，这是朝廷为安抚李氏家族作出的任命，李成梁虽已去世，其子侄家丁在辽东依旧有很大势力；
清河路韩原善所部大都是从辽阳、叆阳、广宁调集的军队，现在都归杜松统领，各归本镇驻守，加强战备，以防建奴再来劫掠
万历四十六年的这次辽东大战明朝军队共计死亡一万九千余人、重伤一万四千人，而斩获的后金军队首级共计七千八百有余，重伤的也应在五千以上，实际上四路明军击毙的八旗军人数应该比斩获的首级为多，因为有些尸首被后金军抢回去了，所以说后金八旗军伤亡虽比明军少，但对总丁户还不如大明一个州郡的后金来说，这样的损失已是极为惨重，八旗制度几近崩溃
号称后金开国五大臣中的安费扬古毙命、额尔都伤残，再加上在凤凰山被张原的使团击毙的扈尔汗，五大臣已去其三，奴尔哈赤元气大伤，原被关押在北京锦衣卫狱中的纳兰巴克什也被处斩，因为留着徒费口粮。
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五月二十七，伤愈后升任辽东军千总的穆敬岩派麾下两名军士来到京城送信，问路找到李阁老胡同张状元寓所已经是午后，却见寓所内十余个仆佣忙忙碌碌在搬运器物，一问才知张状元就要动身去广东
武陵走过来问这两名军士从哪里来，得知是穆叔派来的信使，大喜，说道：“且喜来得巧，要是晚到一日，我们就离京了。”
张原不在寓所，穆真真牵着小鸣谦出来见这两位军士，问知爹爹穆敬岩已升任千总，自是欢喜，因为即将离京南下，穆真真赶紧去写回信，她并不知穆敬岩在战场上受重伤之事，穆敬岩叮嘱送信的军士不许说。
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