荷兰陆军也节节败退，三千多人退到丛林里，但是，荷兰军队最害怕的就是丛林，他们不堪忍受吸血的水蛭，或者是多刺的攀缘植物，更害怕爪哇岛上的“吃人树”，经常出现的混乱状态，使他们的视线只能看到周围几英尺的范围，晚上，黑暗降临，丛林地区的恐怖，渗透进每个荷兰败军的心中。大部分荷兰士兵的脚上都缠着绷带，他们把步枪和弹药丢在一边，不敢合上眼睛，饥饿和恐惧在他们心中蔓延。
中国的军队则士气高昂，抓紧时间猛攻，在那一个星期里，在反复不断的爆炸声中，瓜哇岛的街道上输电线路一团一团散落在地，电线杆被炸得粉碎，已经膨胀的没来得及清理的尸体，被不断蔓延的大火剧烈燃烧着。宋教仁、黄克强和部分光复会的会党，也在荷兰军队后方捣乱，组织华侨反抗荷兰人，荷兰人腹背受敌，苦苦支撑着。
在其他战线，中国的军队也有序推进，喜讯一个接着一个。1904年1月14日，中国的军队攻下安汶岛。接着，帝汶岛处于能够轻易打击的范围之内。在三天内，中国的军内接连攻击婆罗洲和西里伯斯岛，这两个岛屿的失陷指日可待。接着，中国陆军在雅加达地域上陆，占领雅加达，两天后占领泗水。1月25日，中国的军队攻下了巴达维亚，爪哇岛唾手可得。
荷兰印尼总督卡尼拉瓦尔，在要塞下面一间简易的防空会议室里，召开了最后的军事会议。卡尼拉瓦尔将军和他的助手尼班特尔少将，分析了荷兰军队面临的形势，发现印尼已经没有挽救的希望，静静地并且带点悲哀气氛。
卡尼拉瓦尔在2月4日，作了一个艰难的决定，他对尼班特尔少将说：“我们别无选择，只能向中国人投降了。”
尼班特尔少将点点头说，“战争对我们来说，已经是噩梦！我们是该回老家了。”
2月5日上午7点30分，天已经大亮了，卡尼拉瓦尔带着荷兰的将领，举着白旗，带着最后的两千荷兰士兵投降，中国的军队的炮击便停止了。聂士成召集了其他将领，接受了荷兰人的投降。在收降的仪式上，中国士兵们情绪高昂，唱着新国歌，“巍巍昆仑，凝视华夏大地，滔滔江河，孕育古老文明，黎民当家作主，帝王离我们而去……尧舜时代，先人告诫，民有五族，不能分离……”热烈的场面，就像当年郑成功收复了台湾！
在庄重肃穆的受降仪式中，王士珍等中国将领们静静地举起了简陋的酒杯，面朝北京所在的方向，齐呼：“******万岁！”
第二天，王士珍率军在爪哇岛上登陆，荷兰正式放弃了他们的东印度群岛，结束了他们在这个群岛上300年的统治，爪哇岛上最后的一条消息，通过一家无线电台传回了荷兰：“现在，我们被击败了，下一个美好的时代再见。”
不到两个月的时间，中国就攻占了印度尼西亚，把荷兰人赶出了南洋。最后，荷兰政府花了相当于六百万银元的荷兰盾，把荷兰战俘赎回了国，印度尼西亚基本上成了中国和英国的地盘，中国又多了一个工业原料基地，还有众多的廉价劳动力，工业化的基础更加牢固了。
在中国人的文化典籍里，爪哇岛是个遥远缥缈之地，比如要说记性差，就说“早就忘到爪哇国去了”，印尼的最主要的城市雅加达、万隆、三宝垄、泗水、日惹等都在这个岛上，郑和七次远洋航海，每次都到访印尼群岛，足迹遍及爪哇、苏门答腊、加里曼丹等地，给当地人留下了友好的印象，其中三宝垄市还是纪念郑和的“三保大人”得名，所以爪哇当地人对中国的军队的到来，没有多大的恐惧感，一直到中国对当地实行铁血统治！
中国的军队占领了整个印尼之后，李经述派人去把朱尔典找来，开始跟英国政府谈收回香港的事情，他决定打铁趁热，收回香港。
香港主要有三大部分的面积，分别是：香港岛约81平方公里；九龙半岛约47平方公里；新界及262个离岛约共976平方公里。当时，香港岛和九龙半岛界限街以南地区割让给英国。加上南洋一带海域辽阔，岛屿众多，港湾丛错，海盗大肆猖獗，经常出没海上，掠夺往来商船，杀害船上商旅。自马六甲、马来西亚、婆罗洲、苏门答腊、以至菲律宾的苏禄岛等地，无不有海盗活动其间，造成商业往来的极大危害。自1820年起，英国即不断地派遣其海军协助东印度公司的商船队对之征剿，所以英国远东舰队在亚洲是长期存在的，实力不弱。当时，中国海军的实力跟英国也有差距，而且中国的工业化还要靠英国支持，所以，李经述并不想和英国人开战。
李经述提出以岛换岛，收回香港，他对朱尔典说：“犯中华者，虽远必诛。不过，中国人民一向爱好和平，中国政府准备以苏门答腊的棉兰，来换取香港还有英国在中国的租界，你看怎么样？棉兰靠近马六甲海峡，陆地面积相当于将近30个香港。”
棉兰是由棉兰小村发展而来的城市，1903年种植园兴起后，是当时苏门答腊北部的烟草、橡胶、椰子、油棕等农产品集散地和加工中心