1517年，奥斯曼帝国占领耶路撒冷，他们控制该市，直到20世纪。这时，耶路撒冷重新开始繁荣，城墙和老城也被重建，城内任何宗教都可以存在，但奥斯曼帝国后来的无能统治机构使耶路撒冷的经济陷入了缓慢的衰退。到19世纪初，耶路撒冷只有不足8000人口，但依然是一个对犹太教、基督教和***教都很重要的城市。城市居民分四个部分：犹太人、基督徒、***和亚美尼亚人，***主要住在圣殿山附近（东北），基督徒主要住在圣墓教堂附近（西北），犹太人主要住在哭墙上方的山坡上（东南），亚美尼亚人主要住在西南。虽然这个分化并不绝对，但后来它是英国管理时期（1917年至1948年）将城市分为四个区的基础。各大宗教内部又包括了许多教派，比如圣墓教堂同时归希腊东正教、罗马天主教、亚美尼亚教会、埃及教会和埃塞俄比亚教会使用，各教派之间互相冲突，以至于圣坛的钥匙要交给一个“中立的”***家庭保管。
19世纪，耶路撒冷发生了一些对这座城市产生了长期影响的变化，它们的影响一直延伸到今天，而且是巴勒斯坦人与以色列对耶路撒冷争执的根本。首先是从沙皇俄国、东欧和中东，不断有犹太人为逃避宗教迫害而移居这里，这改变了城市内人群的分配比例。最早的移民是极端正统派的犹太人，其中有一些是老人，他们回到这里，准备死后安葬在橄榄山上；另一些是年轻的学生，他们随同家庭到这里来，等待救世主的来临。与此同时，趁着奥斯曼帝国的衰落，欧洲殖民国家开始将它们的影响伸向耶路撒冷。这也是一个基督教复苏的时期，许多基督教派派传教士来到耶路撒冷来转化***和犹太人，他们相信这可以加速耶稣再次降临人间。最后，欧洲殖民主义与宗教热诚也引起了考古学家对《圣经》中所描述的地区，尤其是对耶路撒冷发生兴趣。一些考古队做了一些很引人瞩目的发现，这就更加引起了人们对耶路撒冷的兴趣。
到18世纪60年代，耶路撒冷的面积只有1平方公里，但已经拥挤不堪。居民开始在城墙外建新城。俄罗斯东正教会在城门外建造了一幢大楼。首先开始在城外建造的当地居民是犹太人。其他人模仿他们的榜样开始在城外西部和北部建造新的居民区。最后，这些居民区不断扩大，连接到一起，成为新城。当1917年12月11日英军占领耶路撒冷时，新城已经形成一片错综复杂的居民区群，每个居民区有一个不同的种族构成。在英国统治下，这个发展继续下去，最后，老城区演变为一个贫穷的老居民区。英国人规定耶路撒冷的建筑外表必须是沙岩做成的，来保护城市原貌。
在第一次世界大战后期的1917年，英军中东总司令艾伦比（edmundallenby）将军向土耳其发动总攻，取得耶路撒冷战役的胜利，占领了该市。国际联盟在1922年批准贝尔福宣言，委托英国托管巴勒斯坦，并帮助在该地区建立一个犹太国家。托管时期该市西部和北部建起了新的花园郊区并且建立了高等教育机构，如希伯来大学创建于1925年。
【以色列国】
随着犹太移民的增加，他们和阿拉伯人的冲突也逐渐升级。在第二次世界大战前夕的1939年，英国公布了巴勒斯坦***停止犹太人的移民，限制犹太人购买阿拉伯人的土地，准备把巴勒斯坦逐步移交给一个阿拉伯人占多数的当地政府，犹太人可在该政府管辖下高度自治。但是到战后，由于从德国集中营里解放出来的几十万犹太囚徒偷渡来到巴勒斯坦的压力增加，英国既无法妥善处理阿以矛盾，而拒绝接受犹太人大屠杀幸存者又遭到国际舆论的一致谴责，同时犹太人针对英国的暴力活动迅速升级，于是，在1947年2月15日，英国被迫宣布把巴勒斯坦问题转交联合国处理。再进行调查以后，11月29日的联合国大会辩论巴勒斯坦问题，以33票对13票通过了分立建国方案，对于耶路撒冷，则计划成立一个联合国管理下的特别国际政权，即不属于犹太人国家也不属于阿拉伯人国家的一部分。不过，这个计划从未实现。1948年5月14日以色列宣布建国时，第一次中东战争爆发。战争结束时，耶路撒冷西部被新成立的以色列国占领括老城和西岸）被外约旦（今约旦）占领。除英国和巴基斯坦外，其他国家都没有承认约旦对耶路撒冷东部和西岸的占领。1949年，以色列和约旦签订停战协定，划定的停火线穿过耶路撒冷的市中心。此后直到1967年，东西耶路撒冷分别属于约旦和以色列。1950年，以色列定都西耶路撒冷。
在1967年六日战争中，以色列占领耶路撒冷东部，立刻开始将整个城市规入以色列的控制。它占领了6.4平方千米的原约旦的耶路撒冷和64平方千米的西岸并将这块地方改名为“东耶路撒冷”。被占领地区的居民假如自动放弃他们的约旦国籍的话可以获得以色列国籍，但大多数人没有接受这个待遇。
1980年以色列国会制定了《基本法：耶路撒冷—以色列的首都》，确定耶路撒冷是以色列“永远的和不可分割的首都，而巴勒斯坦自治政府也宣布东耶路撒冷将成为未来巴勒斯坦国的首都。
【地理