而当雅典娜希腊化，成为许多城邦的崇拜对象时，为这位女神描述一个正统的神圣起源的工作就开始了。下面是有关雅典娜诞生的一则故事：
“现在，诸神之王宙斯首先娶墨提斯为妻，她是神灵和凡人中最聪明的人。在她就要生产明眸女神雅典娜时，根据星光灿烂的乌拉诺斯和该亚的忠告，宙斯花言巧语骗过了墨提斯，将她吞进自己的肚里。……因为他害怕她可能生下拥有比霹雳还要厉害的武器的孩子。……但墨提斯立刻怀上了帕拉斯·雅典娜，人类和众神之父在妥里通河岸上从自己的头脑里生出了这个女儿。……雅典娜在那地方接受了神盾，有了它，她的力量便超过了住在奥林帕斯的一起神灵。宙斯生下雅典娜时，她便手持神盾、全身武器披挂。”
这样，通过雅典娜从宙斯脑中“再生”的故事，她具有了高贵的出生，成为了神圣家族的成员。尽管这个雅典娜诞生的故事不是唯一的说法，但这种说法被古人看作是最准确的，因为它被认为是雅典娜的祭司亲口说出的。
在《神谱》中还有这样的记载：
“……他们之所以建议宙斯这样做，是为了不让别的神灵代替宙斯取得永生神灵中的王位；因为墨提斯注定会生下几个绝顶聪明的孩子，第一个就是明眸少女特里托革尼亚（即雅典娜），她在力量和智慧两方面都与她的父王相等。但这之后，墨提斯将生一位傲岸的儿子做众神和人类之王。然而，宙斯抢先把她吞进了自己的肚里，让这位女神可以替他出主意，逢凶化吉。……雅典娜之母、正义的策划者、智慧胜过众神和凡人的墨提斯仍然留在宙斯的肚里。雅典娜女神在那地方接受了神盾，有了它，她的力量便超过了住在奥林波斯的一切神灵。[这神盾成为雅典娜可怕的武器。宙斯生下雅典娜时，她边手持神盾、全身武装披挂。从这一段描述中我们似乎可以看到古代希腊历史演变的某种象征。宙斯代表创造了迈锡尼文明与后期克里特文明、公元前2000年左右迁入希腊本土的真正希腊人的祖先--阿该亚人的神灵宗教信仰，而墨提斯则象征着原先希腊本土土著居民的精神信仰。将墨提斯视为智慧女神可能代表着当时希腊本土的文明要优秀于后来的移民们的文明；当宙斯将她吞入肚中时，便是土著居民、阿该亚人和西亚移民不同的宗教与文明的融合，从而形成了新的希腊古典文明体系——“雅典娜”——当然这个词只是一个比喻，希腊正统宗教的象征仍然是宙斯而不是雅典娜，因为她不是“预言”中的“儿子”，因此最终并没能真正取代宙斯。这多少代表了当时被征服的民族的屈从；但墨提斯虽然被吞，而她仍留在宙斯肚里，又象征着这些民族仍多少保留着他们自己的传统。
雅典娜成为雅典的守护神的传说和女神与波塞冬之间的争斗有关。当雅典首次由一个腓尼基人建成时，波塞冬与雅典娜争夺为之命名的荣耀。最后达成协议；能为人类提供最有用东西的人将成为该城的守护神。波塞冬用他的三叉戟敲打地面变出了一匹战马。而雅典娜则变出了一棵橄榄树——和平与富裕的象征。因战马被认为是代表战争与悲伤，因此雅典就以女神的名字命名。女神很快将该城纳入她的保护之中。在雅典的卫城上，至今还残存着古希腊最著名的建筑物之一——崇拜雅典娜女神的帕特侬神庙。
雅典娜是艺术、工艺和妇女手工之神，双手灵巧，无法忍受别人的挑战。一位名叫阿瑞克妮的莉迪亚族少女，似乎瞧不起雅典娜的本领，并常吹嘘如有机会定能击败女神雅典娜。一气之下，女神装扮成一位老妇，劝告阿瑞克妮应谦虚一些。但那位愚昧无知的女手艺人，竟勇敢地向她发出挑战。女神卸去伪装，接受了挑战。两位妇女立刻着手创作各自的作品。女神设计的图案叙述了她与波塞冬争斗的故事，而阿瑞克妮则编织了金苹果事件三女神为了争夺虚荣而向一个凡人脱衣的故事。之后，雅典娜吃惊地发现自己的作品不够好，于是恼羞成怒，把对方的作品撕成碎片。阿瑞克妮嘲笑她，挖苦她，于是，盛怒的女神将她变成了一只蜘蛛，让她永远地编织。
雅典娜同样是战争的女神。因为雅典娜在特洛伊战争中的活跃表现，使她战神的名声甚至超过了阿瑞斯，虽然她不一定打得过他。她的木马计也是希腊人最终胜利的主要原因之一。但雅典娜与阿瑞斯不同。阿瑞斯嗜战，而雅典娜虽为战神，却酷爱和平，这也是雅典被称为“酷爱和平的城市”的原因。
雅典娜还帮助过不少希腊英雄：在她的帮助下：伊阿宋建造了阿耳戈斯船，完成了寻取金羊毛的远航；佩耳修斯割下了女妖美杜莎的头；赫拉克勒斯完成了不少伟大的功绩；特洛伊战争的参加者奥德修斯在海上漂流了10年后，也是靠她的庇护才返回故乡的。还有金苹果事件。