密教6～7世纪，印度教在当时的社会和文化生活中逐渐取得了占优势的地位，从玄奘的记述中可知当时对湿婆、毗湿奴、梵天的崇拜极为盛行。8～9世纪间商羯罗创新吠檀多派，使印度教在理论上得到重大发展而空前地盛行。佛教在这种社会潮流影响下开始吸收印度教和民间信爷而逐步密教化，在南印度和德干高原以及东印度出现了金刚乘和易行乘等。龙树菩萨从大铁塔中取出密封的密宗经典，密续。其主要经典为《大日经》、《金刚顶经》、《密集经》、《喜金刚经》、《胜乐轮经》、《时轮经》等。它以高度组织化的咒术、坛场、仪轨和各种神格信爷为其特征。仪轨极为复杂，对设坛、供养、诵咒、灌顶皆有严格的规定，主张修“三密”，即手结印契（身密）、口诵真言（语密）和心作观想（意密）。三密相应，即身成佛。8～9世纪以后，由于印度教的兴盛，佛教僧团日益衰败，内部派系纷争不已，从而日趋式微。后来又由于***教的大规模传播，重要寺院被毁，僧徒星散，迄13世纪初，终于一蹶不振趋于消亡。
咒术原本是古印度土著居民达罗毗荼人原始宗教信仰的一个重要的组成部分。它包括善咒和恶咒两种。善咒，是用于治病防身等目的咒语；恶咒，是咒诅他人，使之遭受灾祸的咒语。雅利安人征服土著部落以后，便将它们吸收进自己的圣典，成为婆罗门教《阿閦婆吠陀》中所说神咒的主要来源之一。
对于咒术，释迦牟尼在创立佛教的初期是严加禁绝的。曾明确规定，凡是佛教僧人都不应学习和使用任何形式的咒语，如鬼咒、病咒、水火咒、安宅咒、火烧解咒、鼠咬解咒等等，也不能从事占卜生死、解梦、相手、相面、占星象等活动(见《长阿含经》卷十四《梵动经》)。要想得到解脱，唯有修习戒、定、慧“三学”一途。但到了后来，随着大量婆罗门教的信徒改宗佛教，僧团中出身于“外道”的人日益增多，考虑到这些人的思想底子，释迦牟尼开始允许弟子们使用善咒来治疗宿食不消、毒蛇咬伤、牙痛、腹痛等(见《四分律》卷二十七、《十诵律》卷四十六)，但仍然禁止他们使用恶咒，也不允许以咒术谋生。
逮至部派佛教时期，咒语的使用范围更加扩大了。它不仅被用于治病防身，而且被用来降伏外道恶魔，策使鬼神(见《杂阿含经》卷九所收的第二百五十二经)。
大乘佛教兴起以后，为了与外道相抗衡，更是把咒语作为弘法护教的重要手段。他们认为，陀罗尼(也就是通常说的“咒语”)，有总持、能持、能遮等含义，它具有总摄忆持无量佛法而不至于忘失的功能。能够于一法之中，持一切法；于一文之中，持一切文；于一义之中，持一切义。摄持各种善法，而遮除各种恶法(见《大智度论》卷五、《佛地经论》卷五)，因此，凡是大乘菩萨都必须掌握陀罗尼。
龙树在《大智度论》卷五、二十八还将陀罗尼分为四类：(一)闻持陀罗尼，它能使耳闻之事不忘。(二)分别知陀罗尼，它能区别一切邪正、好丑。(三)入音声陀罗尼，它能闻一切言语音声，欢喜而不瞋。(四)字入门陀罗尼，它能通过听闻悉昙四十二字门(即梵语四十二个字母)，体达诸法实相。弥勒的《瑜伽师地论》卷四十五举出“四陀罗尼”：(一)法陀罗尼，能记忆经句不忘。(二)义陀罗尼，能理解经义不忘。(三)咒陀罗尼，依禅定力起咒术，能消除众生的灾厄。(四)忍陀罗尼，能通达诸法的实相而不失。凡此种种，对陀罗尼现象进行了解释。
在这种思想的指导下，一些初期的大乘经，如《心经》、《法华经》等起初并无咒语，但到后来都增入了咒语(这从它们传入汉地时的初译和后来的重译所呈现的差异可以获悉)。至于中期大乘经中使用陀罗尼的情况则更为普遍。《大集经》、《宝积经》、《金光明经》、《楞伽经》等显教要典中均有载录咒语的专章——陀罗尼品。其他典籍中叙及的陀罗尼片段就更多了。
然而，相对于后来的密教来说，小乘佛教和大乘佛教时期出现的陀罗尼法门，仍然是一种专重于事相(指修持实践，相对于宣说教理的“教相”而言)的作法，如明咒(与陀罗尼意思相通。也有的学者主张，将长的咒文称为陀罗尼，短的咒文称真言，只有一、二个字的咒文称为种子)、瑜伽(意为相应)、护摩(意为火祭、火供)等，尚无完整的教理体系，也没有在菩萨行中居于主导地位。那时，陀罗尼法门只是作为显教教法的辅助手段而存在，它从属于显教，是显教体系中的一个成分。
七世纪中叶，著名的密教经典《大日经》(全称《大毗卢遮那成佛神变加持经》)在西印度成立，稍后，《金刚顶经》(全称《金刚顶一切如来真实摄大乘现证大教王经》)又在西南印度问世。以此为标志，宣告了独立的密教体系的确立。为此，人们将这两部大经以前出现的陀罗尼法门，称为前期密教，又称杂部密教、杂密、旧密。而将以两部大经为代表开始的密教，称为中期密教，又称纯正密教、瑜伽密教、纯密、新密。
具有独立的思想体系的密教，与先前的小乘佛教和大乘佛教(统称为显教)相比，存在着诸多的不同。
就教主和传教方式而言，显教的教主是释迦牟尼(应身佛)，而密教的教主是大日如来(法身佛)；显教是释迦牟尼针对不同