有广狭二义：
(一)广义之真言宗，泛指自印度传入西藏、中国、日本之密宗。（参阅‘密宗’4477）
(二)狭义之真言宗，特指流传于日本之密宗。为日本八宗之一。以‘即事而真’、‘三密加持’为主要法门。又称真言陀罗尼宗、真言密宗、秘密宗、曼荼罗宗、瑜伽宗、陀罗尼宗、三摩地宗。以重视念诵真言（即咒语），故称真言宗。开祖为弘法大师空海（774～835）。相对于最澄所传之天台密宗（即台密）而言，又称东密。其法统由教祖大日如来（即摩诃毗卢遮那）传金刚萨埵（二祖）、龙猛（三祖）、龙智（四祖）、金刚智（五祖）、不空（六祖）、惠果（七祖）、空海（八祖），称为付法八祖。其根本圣典为大日经（善无畏译）、金刚顶经（不空译），称为两部大经。另又依准苏悉地经、瑜只经、释摩诃衍论、菩提心论、大日经疏等经轨与论释。此外，空海自撰之十住心论、秘藏宝钥、辨显密二教论、即身成佛义、声字实相义、吽字义、般若心经秘键等，亦极为重要。其教义大纲系讲说六大（体）、四曼（相）、三密（用）等三大圆融，建立两部曼荼罗，而以‘即身成佛’为其主旨。自空海极力弘传，依据显密二教判与十住心而建立横竖二判之纯密教，以表示胜于其他诸宗，密宗虽衰于印度、中国，却于西藏、日本永传不坠。
延历二十三年（804），空海入唐，师事惠果，大同元年（806）返国，以时机相应，受朝野归仰。自来日僧入唐请回经籍者虽有所谓入唐八家，然得七祖之嫡传、化风之盛，则无出空海之右者，故以之为付法第八祖，并被尊为日本真言宗开祖。弘仁七年（816），于高野山创设金刚峰寺。弘仁十四年，嵯峨天皇赐予东寺（即教王护国寺），遂与金刚峰寺同为此宗之根本道场。门人甚多，以真济、真雅、实慧、道雄、圆明、真如、杲邻、泰范、智泉、忠延等十人最为杰出，或媲美为世尊之十大弟子。空海与此等门人大扬宗风，而予平安时代社会各阶层以极深之影响。然于空海寂后百年顷，事相之传承分成小野、广泽两大流派。即于真雅之下有源仁，源仁之下有益信、圣宝二哲。益信之后，经数代至宽朝时，其门流称广泽流；圣宝之后，经数代至仁海时，其门流称小野流。二者复各分六流，合称野泽十二流，其后更生三十六流、七十余流。
广泽流以益信为开祖，以嵯峨之遍照寺为中心道场，宇多天皇对益信备极敬仰，昌泰二年（899）归依、落发、受具足戒，延喜元年（901）灌顶传法而成法皇，置其僧房于花园（御室）之仁和寺，自此，仁和寺即成广泽流之根本道场。至宽助时，广泽流大别分出六派，称广泽六流：(一)仁和寺御流，由觉法法亲王开出，住持皆由皇子出家之法亲王担任，此即日本皇族寺院门迹制度之嚆矢。(二)保寿院流，由永严开出。(三)西院流，由信证开出。(四)华藏院流，由圣慧法亲王开出。(五)忍辱山流，由宽遍开出。(六)传法院流，由觉鍐开出。
小野流以圣宝为开祖，圣宝尝习三论、法相、华严，尤精三论，以东大寺东南院为根本道场，专弘三论，同时又倾慕修验道之祖役小角之行迹而于山中修行，故后世称之为修验道之中兴人物。于其师真雅示寂后，从真然受密法灌顶，又从源仁受东密之奥密，声誉与益信齐。宽平九年（897），其所建之醍醐寺被列为官寺，而与广泽流之仁和寺并峙。圣宝之下，先后传观贤、淳祐、元杲、仁海，为小野流之极盛期，仁海与广泽流之宽朝，号称东密二大重镇。仁海之下有成尊，成尊门下出义范、范俊、明算。义范之下传胜觉，范俊之下传严觉，由此二人各出三流，成为小野六流：(一)三宝院流，由定海开出。(二)理性院流，由圣觉开出。(三)金刚院流，由圣贤开出。(四)劝修寺流，由宽信开出。(五)随心院流，由增俊开出。(六)安祥寺流，由宗意开出。
开出广泽传法院流之觉鍐，于天承元年（1131）登高野山，创建大传法院，并兼任金刚峰寺座主，其时为平安末期。高野山与东寺向来主张‘大日如来本地法身说’，觉鍐则针对高野山之说而提倡‘自性加持身说’。由是两派乃告分裂，高野山派称为古义真言宗，觉鍐及其拥护者则称为新义真言宗。其后觉鍐由于高野山徒之忌，于保延六年（1140）移至和歌山县之根来，奠立新义派之基础。觉鍐之下有兼海、证印，兼海之后有赖瑜，亦主张‘加持说’，并受报恩院流贤深之付法，开出中性院流，至圣宪时，集加持说之大成，确立新义派之基础。根来遭毁后，专誉、玄宥各住大和长谷寺、京都智积院，各建法幢，开创丰山（长谷寺）、智山（智积院）二派。至于高野山，则有宥快、长觉等固持‘本地说’，其后传长誉、快全、成雄、仟遍、印融等。至江户时代，慧光、昙寂、道空、弘道等人辈出，致力融合新古二说，至后丰山之法住而集大成。
日本真言宗自根本之小野、广泽二流开始，虽衍生众多流派，然中世以来仅大别为新义、古义二派，江户时代，古义派多属高野山，新义派则隶属智山、丰山二山。明治五年（1872）设立教部省，初以高野山为古义派之总本山，以智、丰二山为新义派之总本山，由二派三山之住职轮流出任真言宗管长，未久以东寺得古义总本山之认