诵咒修行的人，在持其他诸法时，对于诵咒者，或诵咒地点皆要求应以「清净」为宜。唯有修持「除秽金刚法」，能使「染」为「净」，无所禁忌，乃至有人在不净处默念亦可，或处于厕所默念亦可，或女人经期时诵念此咒亦可。经文有云「若人能去诸贪杂染，其法更好，所有功能不可具论」。
三、方便修学
一般修法皆需作坛城或结界，方能如法受持。但修持除秽金刚咒者则不需作坛，只需刻「金刚榼杵」于佛塔或静室中供养，然后随力持咒即可。
四、聪明智慧
修持「除秽迹金刚咒」能得智慧辩才，能让根性愚钝者得慧。
五、得大福德
修持除秽金刚咒可得世间福报圆满，远离贫穷。
依《秽迹金刚说神通大满陀罗尼法术灵要门》云：「若有世间众生，被诸天恶魔一切外道所恼乱者，但诵我咒十万遍，我自现身令一切有情随意满足，永离『贫穷』，常令安乐。」
六、降魔鬼病
因佛陀入灭后，除秽金刚现身，诸天鬼神揭发愿要护持诵念除秽金刚咒的行者，所有鬼神妖魔皆不能害，且要对持咒者恭敬礼拜。
七、延寿消灾
经典提到相关「符印」法的使用，但作印法前须先诵满十万遍咒语，与本尊相应后，才能如法作法，否则不得效验。这些符印咒法不仅可以治病，更有甚者可让人延年益寿，愿修此法者勿生贪心，一切以平常心去持咒修法。
八、治瘟疫病
经中讲述持诵除秽金刚咒能去除瘟疫之法，经云：「若欲令『行病鬼王』不入界者，于十斋日，诵我此咒一千八遍，能除百万衰患。」
九、治夜惊怖
经说如果晚上睡觉常常会有「惊怖」的情形发生，那只需持「除秽金刚咒」二十一遍，然后用水或手轻弹睡眠者（加持的动作），从此即可免除惊怖恶梦！
十、灭诸罪事
经典上说：如果有宿世的恶业及冤亲债主，勤持除秽金刚咒定能除去恶业。
如果能彩绘除秽金刚像，并持诵金刚咒，亦能除去阿鼻地狱罪。
十一、防蛇毒兽
如遇「蛇蝎猛兽」、「恶狗狼犬」或「狮子虎狼」时，专心持诵「除秽金刚」咒，即可使这些动物不敢伤人，乃至解脱畜生道之业报。如果持咒加持水，再将咒水洒于房屋周遭，蚊鼠蟑螂恶虫都会离开。
十二、免除盗贼
若平时行住坐卧间，随时随地持诵「除秽金刚咒」，能免除盗贼偷窃之事！
十三、治儿夜啼
经典有芸，拿一条素色布，然后抄写除秽金刚咒文在布上，后持除秽金刚咒，每持一遍，就打一结，持108遍同时打108个结，然后将布系在小孩子的颈子下，这样小孩就不会夜夜啼哭，去除鬼神干扰！
十四、治百万病
经云：「若有善男子善女人，欲救疗『万病』者，诵上咒四十万遍，见有病者治之有验，无问净与不净，随意驱使，我当随从满一切愿。
又行住坐卧心口常持诵除秽金刚咒，能治诸病，及妖精怪、蛊毒阴崇等鬼难病。至于因前世害他众生命，今生因宿业而得的冤债病，朱书秘咒亦能永远除瘥去。
十五、子息易得
经云：无子息或是妇女怪病，或有鬼胎影响者，如果结「都摄印」持诵除秽金刚咒的话，那么很快就可以把妇女病、鬼胎病给除去，进而获得子息！
十六、见亡者事
如果我们很怀念已逝的亲人，很想见他们一面，在亲人的忌日当天禁食，然后到佛塔供养诸佛，请诸佛加被。再选一净室，专心持诵除秽金刚咒，即可以于梦中见到亲人！
十七、众神庇护
如果我们行住坐卧都能心念口诵这个除秽金刚神咒，路边庙中的众神，或路上迎神赛会的诸神都会礼敬你，甚至追随保护着你！
十八、超度解脱
六道众生只要听闻除秽金刚咒音皆可速得解脱超生。
十九、本尊梦感
修持金刚法的人可以在禅定中或梦中亲见释迦牟尼佛或大权力士神王佛，凡愿必能速获满足。
二十、本尊相随
如果我们时时持诵除秽金刚咒，那本尊会时时随身保护着我们，不会有盗贼、水火、五兵之难，得以延年益寿。如果遇到不净的食物，可以先念咒加持七遍，则可避免诸毒！
二十一、授记作佛
除秽金刚法门能于末法时期利益众生，让自己发菩提心、证菩提路。就算持咒未达「清净」之境，十方诸佛听闻你持诵的咒音，也会为你授记，将来成佛无疑！
修持「除秽金刚咒」的功德本来就不可穷尽，《密迹力士大权神王经偈颂》云：「本咒功能说之不可尽，精严加持诏示诸神异，水涌波动宝杵横飞转，像仪光出言语端的奉」。从经典中我们大略可以整理出约「四十二种功德」：
一、位尊得贵
二、降伏情欲
三、去染除秽
四、通染通净
五、方便修学
六、聪明智慧
七、得大福报
八、离贫得富
九、降魔鬼病
十、延寿消灾
十一、治瘟疫病
十二、治恶疮病
十三、疗冷寒症
十四、治百万病
十五、治夜惊怖
十六、夜梦吉祥
十七、令得安乐