当真正的第十二使徒从六号机的体内出现之后，一些敏锐的人感觉到其中有极大的秘密，其中就有美里和律子这两个nerv的大将。此刻已经完全不是nerv能够操控的了了，不过就在这个时候，意外发生了。
从六号机中出现的十二使徒是一个有着黑色身体的奇怪使徒，出现后就在空中飞起来，原本没有动作的二号机这次有动作了，拿起手中的枪支对着这个使徒开火，但是却没有丝毫效果。
“这是？”凌波的零号机原本就在和第十使徒的战斗中大破了，十二使徒出现后片刻就出现在零号机的身边，眨眼间十二使徒就化为了一个巨大的红色圆球将零号机包裹起来，零号机被吞噬了！
“凌波！”被眼前快速变化的剧情感到措手不及，原本还在帮助华盛顿牵制十一使徒的碇真嗣一下子就把攻击的目标转移了。从第一次看到凌波开始，碇真嗣就有一种莫名的情感出现，看到零号机被十二使徒吞噬，碇真嗣一下子就失去了理智，手中巨大的枪械虽然在开火，但仅仅在十二使徒的身上打出无数的血花，并不能干掉十二使徒。
“怎么可能啊，全身都是核心？”真希波有点不相信的看着眼前的十二使徒，这个十二使徒难道是打不死的么？
“把我的凌波还给我！”碇真嗣丢下手中的枪械，向着零号机被吞噬的地方冲去，似乎完全没有考虑自己是否有办法对十二使徒造成伤害。不过此时，蒙大娜却离开了战舰，将战舰的指挥权交给了萌达娜，蒙大娜已经来到了第三新东京市的废墟之中。
“哼，第一使徒也不过如此！”锁定着一个目标，蒙大娜直接站在一枚导弹上快速的来到了目标所在的地方，这是一个被弹射出的插入栓，插入栓坐的就是叫做渚薰的第一使徒。
从导弹上跳下，蒙大娜在插入栓落到地上之后跳到了插入栓上方，因为巨大的冲击力，插入栓还震动了一下。手中多出了一把利剑，用力的向下切去，坚韧的插入栓被切开了一个整齐的切口，一截插入栓因为重力掉落，蒙大娜看到了穿着驾驶服的渚薰。
“我们又见面了，海雾的大小姐。”渚薰似乎没有感觉到自己随时都会被蒙大娜终结，还是微笑的说道，看着眼前的渚薰，蒙大娜就是一阵莫名的讨厌，这个帅气的家伙果然就应该去死。
“现在还挺嘴硬的啊，不知道第一使徒被终结的时候是不是还是这么的嘴硬。”蒙大娜一只手抓住了渚薰的衣领，站立在插入栓翘起的一角，渚薰被蒙大娜单手提起来。
“真嗣君还在战斗呢，我可要给他真正的幸福。”没有了理会自己的脚下是数十米高的高空，只要蒙大娜松手，渚薰就会落下去。渚薰的表情没有一丝的害怕，反而看向了因为冲向了十二使徒被直接击倒的初号机。
“幸福？”蒙大娜的面色显露出一丝的诡异，“没想到我还能看到所谓的两个男人之间的爱情。”
“爱情？”渚薰没有直接回答，“身为李林之王之子，真嗣君有资格选择lilin的未来，现在就是真嗣君做出选择的时候了。”
此刻的碇真嗣因为初号机被再一次击倒，电缆早已断开，初号机的活动时间终于到达极限了，虽然碇真嗣想要继续出动，但初号机不为所动。
“把！”心中充满了无尽的力量，碇真嗣的眼睛突然散发出慑人的红色，“把凌波还给我！”
失去了动力，理论上已经无法动作的初号机竟然再一次动作了，重新站了起来，甚至初号机的双眼也出现了和碇真嗣一样的红色！而初号机的头上还出现了一个光圈，巨大的彩色光环开始出现在nerv总部的上方，向着地球地球其他地方散去，这是第三次冲击的象征，是人类灭绝的前兆。
“怎么可能……”不知道什么时候，碇元渡已经离开了nerv的总部，之后人心已经散了的nerv众人也纷纷离开了自己的岗位，一些开始撤离，一些人，包括美里等人来到了地面，看着重新动起来的初号机感到不可思议。
“所谓的动力并不是eva的动力，其实是eva的拘束器的能量来源。”作为nerv最权威的eva装甲，律子说出了美里心中疑问的答案，“现在的初号机……已经即将成为神。”
“第三次冲击么……”美里听出了律子话中的意思，为了阻止第三次冲击是nerv的人为之奋斗的目标，但是看着眼前即将引发第三次冲击的初号机，美里却感到一丝的不忍，难道人类就要因此灭绝了么。
“狗狗君，这可是不可以的哦！”就在碇真嗣的爆发，引起了初号机暴走，随即引发第三次冲击的眨眼间，一把长枪突然出现，刺穿了初号机脖颈，初号机被封印了，这仅仅是初号机暴走之后不到10秒的时间中发生的，而做出这一切的正是二号机，而那把长枪正是六号机封印了四号机的朗努基斯之枪，“第三次冲击，可不能发生哦。”真希**了一下眼睛，天空中的彩环也开始消失。
这种变化让所有人都感到目不暇接，蒙大娜发现渚薰的脸上出现了一丝的惊诧，“看起来这不是在你们的剧本中，seele的剧本可不是这样吧，或者碇元渡也不是这样计划的吧，使徒，seele，nerv都已经要退出历史的舞台了，这个世界的创伤足够多了，不需要你们了。”
“是么，海雾的大小姐，真是最大的变数，历史完全被改变了。”
“没错，所以你可以退出历史的