及至东晋中后期上清、灵宝等道派出现后，对道教最高尊神的观念便发生了变化。
这些新起的道派，便不再尊奉太上老君为最高尊神了，而是以元始天王或元始天尊与太上大道君的地位最尊。
在这两派的经书中也提到太上老君，但往往把它摆在一个次要的地位，有些经书甚至把它作为元始天尊或元始天王和太上道君的弟子看待。
这种分歧，在《魏书·释老志》和《隋书·经籍志》对道教的介绍中，便可明显地看出来。
《魏书》卷一百一十四《释老志》说：“道家之原，出于老子。其自言也，先天地生，以资万类。上处玉京，为神王之宗；下在紫微，为飞仙之主。”
这显然是反映了天师道以老子为最高尊神的思想。
《隋书》卷三十五《经籍志》四则称：“道经者，云有元始天尊，生于太元之先，禀自然之气，冲虚凝远，莫知其极……以为天尊之体，常存不灭，每至天地初开，或在玉京之上，或在穷桑之野，授以秘道，谓之开劫度人。所度皆诸天仙上品，有太上老君……。”
这明显是以元始天尊为最高尊神，太上老君也是元始天尊所传度的弟子之一，代表上清派的思想。
天师道与上清、灵宝等三个主要道派在道教最高尊神的观念方面，分歧既然有如此之大，即道教经书既有大中小之分，则造说这些经书的教主也势必会有先后等级的差别，在《云笈七笺》卷六《三洞经教部》之《三洞并序》里即称：“三洞既降，遂有大小中乘、初中后法三种分别。”
那么，在三洞尊神之间，如何划分先后等级的差别呢?故道教又有“一气化三清”之说。
在上引《九天生神章经》里即含有三清皆由道气所化之意，在《三洞并序》中说：“又三洞之元，本同道气；道气惟一，应用分三，皆以诱俗修仙，从凡证道，皆渐差别，故有三名。”
即是说，三洞的本元，都是来自同一的道气，只是应用不同，才分为三个不同的名称。
尽管如此，但具体到究竟是由谁一气化三清呢?则又有不同说法。
一种意见是认为，道教的三清是由大罗天的玄、元、始三气所化而成。
如大约为东晋或南北朝初年出世的《太真科》就说：“三天最上号日大罗，是道境极地，妙气本一，唯此大罗生玄元始三燕，化为三清天也。一日清微天玉清境，始气所成；二日禹余天上清境，元气所成；三日大赤天太清境，玄气所成。”
这种说法，并未解决三清尊神之间先后等级的实质问题，而且还会引来住大罗天的尊神是谁，三清尊神是否为这位尊神所化而成等一系列的问题，故道教通常又有另外两种说法，一种说法是认为，三清是由元始天尊一气所化，上清派道士多主张之。
《三洞并序》引证《业报经》和《应化经》说：“天尊日：吾以道气，化育群方，从劫到劫，因时立化。
吾以龙汉元年，号无形天尊，亦名天宝君，化在玉清境，说《洞真经》十二部，以教天中九圣，大乘之道也。……吾以延康元年，号无始天尊，亦名灵宝君，化在上清境，说《洞玄经》十二部，以教天中九真，中乘之道也。……吾以赤明之年，号梵形天尊，亦名神宝君，化在太清境，说《洞神经》十二部，以教天中九仙，小乘之道也。”
这就说，三洞尊神都是元始天尊在不同时期的化身，三洞经书也都是元始天尊在不同时期所说，这样对道教各派便不会产生等级高下之分，导致教派之间的矛盾了。
不过这很明显是代表上清派的说法，《隋书·经籍志》采用之。
道教的另一种说法是认为，三清是由老子一气所化，这主要以天师道为代表的道士们的思想。
这种思想，其渊源甚早。早在道教正式产生之前，就开始对老子进行神化。
东汉明帝(57_75在位)、章帝(76—88在位)之时，益州太守成都人王阜所作的《老子圣母埤》即称：“老子者，道也。乃生于无形之先，起于太初之前，行于太素之元，浮游六虚，出入幽冥，观混合之未别，窥清浊之未分。”
这里便把老子与道合而为一，而道是天地万物的根源，因而老子也就自然成为造物主，当然也就是至高无上的神灵了。
早期道教继承并继续发挥了这一思想。
在道教早期经典《太平经》中便说：“老子者，得道之大圣，幽明所共师者也。应感则变化随方，功成则隐沦常住。住无所住，常元不在。……周流六虚，教化三界，出世间法，在世间法，有为无为，莫不毕究。”
传为张陵(或张鲁)所作的《老子想尔注》，也把老子作为道的化身，称“一者，道也”，“一散形为气，聚形为太上老君”。
《云笈七簸》卷一《道德部》之《总叙道德》引葛玄《五千文经序》说：“老君体自然而然，生乎太无之先，起乎无因，经历天地，终始不可称载，穷手无穷，极乎无极也，与大道而轮化，为天地而立根，布气于十方，抱道德之至纯，浩浩荡荡，不可名也。……堂堂乎为神明之宗，三光持以朗照，天地禀之得生……故众圣之所共宗。”
其后南宋谢守灏所撰编的《混元圣纪》、《太上老君年谱要略》、《太上混元老子史略》等著作中更反复地说：“太上老君者，大道之主宰，万