来到江阴的博洛了解到所有的战况之后，得出了他早已料到了的结论，想要破江阴，剿灭同盟军，光是陆上的优势不行，必须要水陆并进，只有在水路上破了同盟水师，那么在陆上才能取得彻底的胜利。
博洛开始坐镇清军新建的君山大营，向南京的多铎呈报战况，说明筹建水师的重要性，同时催促在镇江操练水师的耿仲明，要他加快进度异界花心邪尊。
同时，博洛又下令押着战败被俘的明军总兵黄蜚、吴志葵俩人来到江阴城下劝降。在原来的历史上，黄蜚、吴志葵为首的南明水师一直是江南各地所期待的援兵。但在现在，同盟军已经完全取代了南明在江南的残余力量，成为江南民众的新的希望。
江阴悍卫发冠的信心为江南诸城之首，全城军民众志成城，而且阎应元立在城头掷地有声：“自古有降将军，无降典吏！”
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自从清军最为勇悍的满将图赖阵亡在吴淞城头，尼堪一路而来的嚣张气焰终于彻底地挫了。面对吴淞这座犹如金刚刺猬一般的新式棱堡城，尼堪再没有进攻之力。他除了期待从南京、或者从杭州运来红夷大炮攻城之外，没有别的法子。
而且，让尼堪越来越烦心的是，自从从上海城跨过吴淞江来攻打吴淞城后，他对松江府的控制越来越弱。他留在上海、华亭两县的有限兵力只能龟缩在城内，而在城外，全是那些在同盟会煽动之下的反抗剃发令的“暴民”。尼堪部的清军主力阵兵在吴淞城下，但是因为吴淞江、黄浦江的两条水道，万一上海、华亭两个县城受袭，他的援军必须渡江才能开进松江府。但在渡江之际，就必须担心受到同盟军的半渡而击。
同盟军的水师凭着吴淞江、黄浦江两条水道，把尼堪的主力与上海、华亭各县分割开来。尼堪在松江府的统治犹如空中楼阁一般脆弱。除了县城，各地的村镇仍然是乱成一团糟。那些分派各地的小股征讨清军往往是全军覆没的下场。
高旭把尼堪的主力的牵制在吴淞城下，以徐鸿的旭卫营守卫吴淞，调出赵天武部以及邬含蓄部，凭着水师的投送能力，游击在吴淞江、黄浦江两岸的各地村镇，扩大同盟军的影响力的同时，又剿灭小股清军。
对于尼堪来说，眼前的境况着实是焦头烂额。吴淞城久攻不下，又损兵折将，而且由于后方由于同盟军的搅动，这民心民志变得越来越燥动，大军的后勤也越来越艰难。在松江府，光是上海、华亭两县都已摇摇欲坠，就算收集到了钱粮也运不出城，就算出了城，也过不了吴淞江，因为江上尽是那些伺机偷袭的崇明海盗。如今尼堪部的清军靠苏州的李率泰供给，但从苏州出发，经昆山、嘉定到吴淞城下，一路上也尽是从太湖水道而来的白头军水匪，更头痛的是，这太湖的水匪似乎与崇明的海盗互为声援，遥遥呼应。
眼前是坚城，身后是乱民、水匪、海盗，以尼堪那狂暴的性子，实在是窝囊得无法忍受。到了七月底，尼堪忍受不了南方这般炽热的天气，再加上战事不利，他把征讨吴淞的任务扔给满阿哈尼堪以及蒙古固山额真马喇希，自己跑到苏州拙政园去避署散心了。
尼堪在去苏州之前，去上海探望了最为赏识的绿营降将李元胤。当初李元胤在桃丰坞受了重伤之后，尼堪爱惜其才，就让他在上海县城内休养。上海也就让李元胤领着他的数千部众镇守。
李元胤受伤之后，虽然这是与高旭商量好的苦肉计，但由于那邬含蓄犀利的箭法，李元胤有点疑心高旭过河折桥，想一箭了结他的小命。但后来高旭派人秘密送来的铭刻着“同盟中华”的一星会员徽章时，他一个独在房中，摸着光秃秃的脑门，纠结之余，忍不住泪流满面。
经过半个多月的静养，李元胤的箭伤也好了大半，当尼堪来探望时，李元胤已能下床自如。
在上海县衙内，尼堪大马金刀地坐在茶几上，接过李元胤恭敬奉上的盛满清水的杯具，看着他日惭恢复的伤势，颇为欣慰地道：“元伯，以后松江府就靠你了啊。”
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附：明代松江府包括上海、华亭、青浦三县，相当于现在的上海地区。吴淞千户所城，位置大约在现代宝山县的临江公园。