足利义辉在安抚一下六角义贤后就目送他离开，之后谦信就立即对足利义辉说：“京公方殿，占据京都的伊势贼众就交由臣下来解决，您重掌幕府大权只是时间问题。上杉家永远是幕府之臣。”
足利义辉听完谦信这番话后就非常高兴，当即表示：“余得上杉氏之助，离号令天下大名的日子就不远了。”
永禄元年九月四日。就当六角义贤前脚离开坂本城的同时，后脚伊势贞孝就率军三千占据了二条御所周边各地，山城国各关卡要道全部部署了自家军势。他就在灵山城内坐镇等候着足利义荣的到来。
不过，天有不测风云。伊势备中守入道的交涉失败了。足利义荣的马廻众细川骏河守、畠山伊豆守等纷纷反对。他们都劝谏足利义荣不要做傻事：三筑都不支持伊势家，还派松永久秀去拦截去援助伊势家的畠山军，这说明了什么？三筑都反对他们！若是我等就这样进入京都，那么伊势家失势后我等连阿波都待不下去了。
足利义荣也不是傻子，这话他还是听得明白的。他很清楚自己现在为什么还能在阿波住着，有人养着。要不是有三好家把他当“将军候补”养着，自己什么都不是。现在听伊势家的去京都继任将军，那么有几成把握是能当上将军的？更别说伊势贞孝并不能摆平朝廷方面。足利义荣可不想现在就圈铺盖走人，好日子他都没享受够。
足利义辉倒是把指挥大权都交给谦信，他先送了两把太刀给从丹波赶来的川胜继氏和小畠国明，还将他们作为明智光秀的与力。日后让明智光秀介入丹波和三好家在丹波的旗头松永长赖（内藤宗胜）抗衡。足利义辉在这次伊势贞孝的谋逆已经完全失去了对伊势家的信任。曾经的伊势家不管好坏都为了幕府的财政而东奔西走，而伊势贞孝继任后伊势家再也没有给幕府带来更多的财富。然而伊势贞孝要的是独揽大权，他迟早都要和足利义辉撕破脸皮。足利义辉原本是也不想那么早就和伊势贞孝撕破脸皮，毕竟消耗的都是幕府的实力，现在简直是完全让三好长庆在看自己的笑话。
足利义辉已经想好了新的政所执事人选——上杉谦信。反正她的领国离京都那么远，作为她在这段时间出生入死的奖赏，给这样的一个虚职也是应该的。至于帮自己和幕府干实事的活就让明智光秀来担任政所执事代即可。反正明智光秀就是被上杉家派来为幕府效力的，加上他又没有想要独揽大权的野心。
好在谦信将西近江的战事迅速结束，并且在六角家重新降服府后准备对盘踞在山城国南部的伊势家动手。
然而，身为幕府管领的细川晴元倒是在一边作壁上观。他丝毫没有出兵协助任何一方的想法。毕竟他已经没有足够的能力去干预任何的战事。三好长庆几乎将京兆细川家在京畿的大部分势力摧毁殆尽。他根本不想失去在山城最后的那么点领地。
就当谦信都将川胜、小畠、明智三部的兵力集中起来时，中西次郎坊来到了坂本城内。
“御馆大人，武田军已经出兵攻入了飞弹，姊小路家完全抵挡不住。而加贺、能登两国的净土真宗信徒已经集结了两万余准备伺机攻入越中。形势万分紧急！直江大和殿、本庄美作殿、加地骏河殿等大人都希望您火速返回越后！”中西次郎坊倒是没在意一旁庭院里练剑的足利义辉，直接对着大广间内的谦信大声汇报道。
“你说什么？！”谦信一把将手中的折扇瞬间捏成两半，顿时坐在大广间内的明智光秀、川胜继氏、小畠国明、淀川三右卫门等人都看得是清清楚楚。而在庭院里练剑的足利义辉此刻也停了下来。
“御馆大人，越中方面我方总兵力不足两万。如果三面夹击的话就算是有柿崎和泉殿、宇佐美骏河殿等坐镇越中，还是难以抵挡三面的同时攻击！”中西次郎坊来到京畿之前可是被加地春纲、直江景纲、本庄实乃、长尾藤景等人千叮万嘱的，必须让谦信在半个月之内火速赶回越中或者越后。
“京公方此刻有难，而我作为幕府的关东管领，焉能不理？”谦信可不想半途而废，为了能让足利义辉坐稳幕府将军的宝座就必须把伊势贞孝这个毒瘤铲除。
“······”中西次郎坊哑口无言，他作为一名忍者是无法命令顶头上司的，所以他选择了沉默。
谦信为了不让战事拖得旷日已久，还请足利义辉下令山城国各地奉公众配合谦信的攻势。
很快，在九月四日傍晚谦信就率领五千军势杀入山城国。在京都一带的奉公众一得到足利义辉的命令后便立即行动了起来。三渊晴员、三宅藤兵卫等奉公众率领两千余军势四处出击袭击驻扎在京都各关卡的伊势军。而伊势贞孝得知了奉公众开始朝自己攻击时才醒悟过来，便立即带着残部退入中尾城。畠山高政在河内遭到了松永久秀率领的大和国国人众的攻击后无力北上，只能被迫退兵。伊势贞孝的最后一个盟友也放弃了他。这场更换将军的闹剧倒是快虎头蛇尾的结束了。
而伊势贞孝、伊势贞良父子所在的中尾城也随后遭到了谦信率领的五千军势和幕府奉公众的三千军势团团围住。就连一向喜欢看热闹的典厩细川家都派出了以细川元贤为大将的五百军势参阵。这下伊势贞孝才意识到自己已经来不及后悔了。足利义辉是不会给他重回幕府的机会。
再转眼看看东北的奥羽之