政务方面算是搞定了，接下来就是军务方面。
浙江诸府愿每年多缴田赋、商税，其实是交给方原的保护费。换句话说，方原的玄甲军必须要保护浙江诸府的平安。
方原决定将浙江的军务系统分为两部分。
一部分是原先的卫所卫兵。浙江诸府在册的卫所兵士共有五万，这五万人里，实打实的能有两万，已要谢天谢地。但要指望这些卫所兵来护卫浙江的平安，那真是撞了鬼了。
所以护卫浙江的主力，只能是另行委派的玄甲军。
方原决定加派两万玄甲军入驻浙江，这支护卫浙江的玄甲军主帅，任命为浙江总兵一职，治所在金华府。
其中一万部署在浙北的绍兴府，护卫浙北五府的防务，兼职看守应急储备粮的官田，还有方原、玄甲军的私田；一万入驻浙南的金华府，负责浙南六府的防务，抵御来自福建的攻势。
这个浙江总兵的人选，方原在与景杰商议之后，决定任命之前步战营的统领麻林担任浙江总兵。麻林忠诚度是足够的，再加上资历丰富，确实是这个浙江总兵最适合的人选。
而麻林出任浙江总兵后，空缺出来的玄甲军步战营统领之职，正好由新近归降的甘辉来担任。
方原、景杰找来了麻林，告知了这个军职任命，并征求他个人的想法和意见。
麻林一听这个浙江总兵虽然要面对郑家的攻势，但却能在浙江独当一面，确实是一个极好的历练机会，也就爽快的应了。
因郑家的虎视眈眈，麻林面临的防务是相当严峻，方原临行前又提醒了麻林两个防务要点。
其一，以浙人守浙南，对浙南六府的所有卫所进行大整顿，减少吃空饷的，充实真正的防御力量；其二，若郑军大举进犯，切记不能赌徒似的进行大规模会战，而是要利用浙南利于防御的山地、丘陵地形，能战则战，消耗郑军的军心士气，不能战则坚守待援。福建的物资并不丰富，若在浙南找不到充足的军粮补给，绝对无法久战。
麻林听了欣然受教，拱手领命。
方原花了一个月时间，分派了整个浙江的军政事务，便和景杰率军返回了至少阔别了大半年的大本营-苏州府。