3、总参谋院：主要负责总督府军队建设，对外战争，战略计划的制定等职责。
三院之下另设各部各负其责。
参议院下设：法务部、监察部，刑部分别负责立法，司法和监察工作。
政务院下设：吏部、民部、礼部、工程建设部、技术发展部、民教部、卫生部、交通部，分管各项政务。
总参谋院下设：兵部、装备部、研发部、后勤部，负责军队建设和对外作战以及武器装备更新和后勤保障的各项工作。
除三院之外还单独设立财政部和安全部。这两部直接向最高军政会议负责，属于牛天赐直辖。财政部好理解，钱袋子嘛，不把在手里还成。不过财务部的权利够大，连税收和商务也归财政部直管。至于安全部嘛，这个部门比较特殊，成员基本上是冷锋的成员，参议院下属监察部既属于参议院管辖，也属于安全部管理。在特殊情况下，安全部甚至可以越过参议院直接命令监察部，当然前提是必须有牛天赐的亲笔手令。
这个机构设置既有和大燕的三省六部制相同的地方，也有很大不同之处。最大的不同就在于将法权、政权和军权分立开来，既各司其职，又互相，互相监督。在这个时代这种模式可以说是史无前例的，尤其是设置了参议员制度，首开普通百姓参政议政的先河，当然结合这个时代的特点，最终的权利还是集中到一个人手上，这个人就是牛天赐。
这种模式就像是把君主立宪制和共和制结合在一起的产物，这是牛天赐的创新，也是一种尝试。在三院的基础上，三院的主官，加上财政部、安全部的主官、总督府特别顾问处顾问长以及牛天赐共同组成总督府最高军政会议，除牛天赐之外那六位被称为六大理事，最高军政会议常设机构被称为总督府内阁，内阁设尚书一人，负责组织召开内阁会议，内阁尚书可参加最高军政会议，但不具备表决权。
二、总督府最高军政会议理事职务任命
牛天赐任军政府总督，掌控全局，是最高行政长官和军事首脑。
欧阳休任内阁尚书。
范进任参议院总参议长，魏其昌任副参议长。
袁崇任政务院总长，楚天雄任副总长。
西门庆任总参谋院总长，呼延豹任副总长。
岳钟启任财政部总长，万贯任副总长。
周孝贤任安全部总长，副总长共有三人其中第一副总长虚设，据说是留给一位不知名的执行一项庞大秘密计划的人。其他二人分别是薛平和薛锦松。
周如海任总督府特别顾问处顾问长。
其他各部总长任命如下：
法务部总长：苗有道。
刑部总长：何尚
监察部总长：苗青
吏部总长：庄大严
礼部总长：苟翔飞，副总长：孙不悔
民部总长：秦可望，副总长：罗洪亮
工程建设部总长：李云成
技术发展部总长：司马长风
民教部总长：慕容枫（暂由慕容月代理）
卫生部总长：王稳（就是王猛的师弟，神医戒痴。）
交通部总长：岳静波，副总长：杨立功。
兵部总长：凌无忧，副总长：王猛
装备部总长：叶远征，副总长：关长云、高辟疆
研发部总长：马启孟，副总长：赵子龙
后勤部总长：庄大富，副总长：黄生汉、李烈
三、制定总督府临时约法，并以此为基础制定各项法令。
四、整合军队统一号令。飞虎军团所辖各军统称飞虎军团某某军，只有在荣立战功后，经过兵部上报，总参谋院核准，最高军事会议决定，牛天赐亲批之后才可以冠以军名，这是对一支部队的最高荣誉奖励。比如飞虎军、豹骑军、镇北军、铁臂军、攻坚军这五支牛天赐起家的部队，就首先获得了牛天赐的亲笔批准，并授予了新的军旗。其他部队现在还只能叫做飞虎军团某某军等等。不过没关系，随着牛天赐走上争霸的道路，相信这些部队会一个接一个拥有自己的专属军名。
五、令财政部着手准备建立总督府中央钱行，并准备发行新式货币。国家财政是和军政建设息息相关的，大燕现在使用的是以铜钱为主的货币，大额货币以及大宗贸易的交割已经被万通钱庄发行的汇票所垄断。这就为成立中央钱行和发行货币奠定了基础。经商议，总督府将以金银铜分别钱币，逐渐发行。旧币回收新币发行业务全部交给万通钱庄，也就是今后的总督府中央钱行各地支行处理。
六、制定总督府军人奖惩条例和民众奖惩条例以及优抚政策，意在唤起将士们和百姓的自豪感和归属感，为牛天赐的进一步发展积蓄军心民心。
七、总督府所辖各地军民目前尊兴盛帝为大燕之主，但兴盛帝和天狼汗国大可汗苏梅朵成亲之日，就是总督府自立一方之时。
八、总督府全体军民皆有保家卫国之责，应一致支持总督府发起的针对戎虏的战争。自现在开始，总督府不承认所谓天狼汗国的合法地位，并将其视为仇敌。戎虏就是他们的代名词，任何向戎虏妥协的行为都将被视为叛国行径，罪不容赦。犯此罪者判处死刑并剥夺身份财产，其家属驱逐出总督府所辖各地。终生不得享受总督府民众享受的权利和待遇。
九、恢复和莽古尔的邦交，并在莽古尔设立办事处负责沟通双方，此事由安全部和礼部负责。
十、临时约法规定，