忍者本身的精神能量和身体能量完美的融合所产生的一种的能量，是施展忍术、幻术和体术的能量来源，而这种能量就被称之为查克拉。查克拉分为五个属性：火、水、风、雷、土。并且这五个属性两两相克：火克风、风克雷、雷克土、土克水、水克火，一般人的话只是有着一种的属性，而当忍者使用和自己属性相同的忍术的时候，会有着百分之一百二的威力，但是要是使用和自己的属性不同的忍术的时候，就只能发挥出百分之八十的威力，要是使用正好和自己
火：高温查克拉，能够烧毁所接触的物件。能够令对象燃烧起来，与“风”同属攻击特化型；风：如锋利刀锋的查克拉，能够斩断一切物件，用以对付特殊忍具和忍术，在中、近距离下最具攻击力；?雷：与中、远距离扩散式忍术最配合，加在金属制的武器上，会提升杀伤力及触电效果；土：能够改变物件的硬度和成分，高手可以令忍术和物件变得如钢铁般坚硬，或和黏土般柔软；水：适用于“形态变化”，可以变成雾隐藏身影，或变成海啸阻挡别人，具有很高的辅助效果。
而这五种查克拉分别可以组成火遁、风遁、雷遁、土遁、水遁。有两种查克拉同时发动可以组成新的遁，如：水遁与土遁相组合的话，就可以成为千手柱间的木遁了；水遁与风遁相互组合就是冰遁；火遁和土遁就会成为四尾的人柱力的熔遁……
查克拉就是忍术的能量，而结印就是忍术的钥匙。忍者通过提取查克拉得到了能量，然后以结印的方式，将查克拉以一种特定的方式释放而出，成为特定的忍术，所以不同的忍术对应着不同的结印方式。
王清明在群山之中找到了一个风景宜人，然后便打算开始修炼了，由于王清明有着数十年之后的忍术的基础，所以王清明很快便找到了一种适合自己的查克拉提取方式，至于说是王清明身体之中的真气，王清明却是打算现在暂时先放弃，因为查克拉的提取有着一条的捷径，但是真气的修炼却是没有捷径，只能是自己修炼，而王清明现在是急需实力，所以他不能等待，而且据王清明的估计，他的真气在下一个的世界，定然会更加的落后了，所以王清明只是打算以其作为锤炼身体的方式，并不成为实力增长的方式。
现下的这个时期，和之后的木叶时期，查克拉的修炼都是精神能量和身体能量完美的融合所产生的一种的能量，所以每一个人都是以精神能量自自己的一百三十兆个细胞之内提取身体能量。王清明的精神能量和身体能量是极其强大的，但是有着上一次的修炼，王清明却是并不打算以现在这种的普遍的方式来修炼，王清明借鉴了仙人模式的修行，打算以精神能量为主持，成为身体能量和外界的自然能量的一个桥梁，让汲取外界的自然能量……