不知火流，扶桑最古老的忍术流派之一，源远流长，甚至可以追溯至太古之前。当家不知火半藏，亦是德高望重的宗师。他唯一的继承人和孙女，名为不知火舞。
舞在爷爷的道场，与流派的弟子们修习着流派的拳法长大。她成年之后，奇怪的梦境中反反复复出现一个熟悉的身影，梦中的自己总是怀抱着热情去追寻他，唤起他的名字。那个人，应该是自己所爱的人。舞这样认定。
她从家族的典籍中发现，上面记载着围绕“秦之秘传书”发生的残酷争斗。“秦之秘传书”虽然毁掉，但据说仍然有被血所污秽的暗黑拓本流传。参与了秘传书争斗的祖先，名字也正是叫做舞，这是巧合吗？过去时代的舞所爱的，则是曾经拥有秘传书的武术家的养子。这个异乡人的身影，从纸张的记载进入如今舞的梦境中，渐渐合为一体。
当神秘的黑衣人远渡而来，贵族们纷纷为其吹嘘的长生不老药而倾倒，甚至连不知火流派中魔种混血的强者，也经受不住诱惑为黑衣人效命。半藏无法眼睁睁的看着流派的弟子们卷入这种狂热。他的反对激起了被迷惑人们的声讨，也因此成为黑衣人的眼中钉。
这时候，从京都传来消息，一艘来自西方的船只停靠港口，船上金发碧眼的异乡人被狂热的血族所围困起来。舞所期盼的那个人，是否也在其中？感到不安的舞，向爷爷提出前往京都的请求。
舞出发了，去追寻自己的梦和宿命中的那个人。可就在她离开不久，爷爷被背叛者残酷的杀害了。报信的弟子追上舞，她明白自己就像曾经的舞一样，再次卷入秘传书和异乡人的战斗中。血液里流传的斗志被点燃了，她现在是不知火流新的当家！流派的安危，心爱的男人，还有爷爷的仇恨，一切，在京都来决断吧！
不知火舞来到长安城下，经过数个月的漂泊总算从扶桑来到了大唐，不知火舞嘴里的京都，也就是着耸立在长城内的长安城，刚刚经历过大战的长安城没有像想象中的那样凄惨，残垣断壁百姓民不聊生。
而是一片和谐平静，只是朱雀门坍塌的城墙证明这场战争是真实存在的，士兵们稳稳有序的正在修补城墙，城中百姓在慰问这那些辛勤保家卫国的士兵们。不知火舞她相信在这里她一定会找到她梦中的那名她等待的人。
身为自然的巫女，娜可露露聆听着自然的声音。然而风接二连三送来的是噩耗。飘洋而来的血的生物，令自然的灵魂发出痛苦的哀鸣。
那是名叫徐福的逃亡者，悄然无声来到扶桑都城。他进献的长生不老药迷惑了贵族们，接下来，那些寻求长生的人们一个接一个成为血族。
这场血的瘟疫蔓延开来。更糟糕的是，许多人自愿成为血族，以换取所谓永恒的生命。而血族与血族之间，为了争夺食粮，陷入相互杀戮。
玛玛哈哈不安的拍打着翅膀，血腥的味道传入神之村落。娜可露露反复做着同样的梦，梦里的扶桑在血海中沉没。如果再这样下去，扶桑，连同自然之灵，都会死去吧。感到不安的娜可露露，终于决定再次带着玛玛哈哈朝京都展开旅行。
情形比想象中更加糟糕。行人们看似与常人无异，双眼中却充满了对鲜血的渴求。玛玛哈哈不停的徘徊，它的叫声引导娜可露露救起一名重伤的少女――阿通。阿通所居住的村落遭到血洗，全村人都成为食粮，只有阿通逃了出来。而力竭的她，也到了灯尽油枯之时。娜可露露为濒临死亡的少女祈祷。听她断断续续讲述自己的遭遇：曾经青梅竹马的宫本武藏，在追寻天下第一的路上失去踪迹。阿通苦苦期待着重逢，可等来的只有血族的杀手。
当天边露出第一丝曙光时，阿通闭上了眼睛。娜可露露和玛玛哈哈将她埋葬在古老的树下。猖獗的血族，因污秽而悲号的自然，可怜少女的最后嘱托……娜可露露决定改变旅途的方向，向着那位武藏最后决斗后失踪的地方前进。
有着玛玛哈哈带领，娜可露露很快就要追上在大唐认路旅游（新婚蜜月）的宫本武藏，看着身后的血族追兵，娜可露露祈祷着快一些与宫本武藏相遇，数个月来的追杀娜可露露已经坚持不住了。
在近江的村落里，没落的武士后裔橘右京，却有着高超的剑术?“神梦想一刀流”，是远近闻名的居合斩名家。他温柔文雅的容貌，俘获了许多少女的芳心。她们所不知道的是，右京因为肺病的折磨，陷入深深的空虚与孤独感，认为自己会独自死去。
这个想法在某一天有了改变。因为躲避京都的瘟疫而来到乡下的领主一家的女儿，恬淡文静的小田桐圭出现在右京的面前。柔和的谈吐和凛然的气质，与众不同。只是由于身份的差距，少有相见的机会。?田间的道上，两人偶然邂逅。圭无论如何都想为整日病卧的母亲摘下峭壁边绽放的美丽花朵。右京替她摘下了花，圭文雅的向他道谢：“右京先生，也喜欢花吗？无意中看到盛开的花朵，打动了我。”如同在平静的水里投下石子，那一刹那，右京的心中涌起了继续生存的乐趣，他可以为自己所爱的少女献上世间美好的花朵。?
圭因为母亲的病陷入惆怅。蔓延的瘟疫令人们惶恐不安。这时候传来消息，遥远的京都盛开了究极的花朵。那是能够治愈百病，延长生命的灵药。
望着忧心忡忡的恋人，右京决定前往京都。那里似乎已经