机构调整从来都是最难一步，好在考成法的威力让许多官员有了自知之明，能力不足的自然不敢轻易钻营到新机构里，向往出头的则几乎争着去新部门，尤其许多户部的人想往税部和民部转。
税部的职能原在户部度支司，掌司姓金，积年老吏熟知税典旧例，精于数算却不全面，本以为今生仕途就是个三品到头，哪知税部独立，得个尚书衔。此司下辖三十七城（不含新城）赋税之事，每城知府下皆有转运使专司本城税务，另有盐、矿、茶三大从三品专职转运使，直接向尚书汇报的，转运使下面又有一群提举、提使、提调、帮办等小吏，可谓是人数最多的司。如今还要加上市舶司，单独成部也是应有之意。
这里不得不提一句太宗定下的‘城县制’，以城辖州县，城以管理规模的大小，行政级别的高低，或根据区位地理而定，下面大县、望县为州，余者为县。如兴庆城版图大，但人气不足收入低，虽然叫城，但只是中县的收入水平。琅琊城地方不大，但地位特殊，所以叫城。管一城的不一定就是四品知府，也可能是六品知县或五品知州。若一城有专职税，则两个转运使分别负责不同的税种，下面小吏更是职能重叠，冗员繁多。现在合成一部，专职转运使不再独立在外，一城的税务体系合并，减少不少吃空饷的小吏。
民部是另一个大头，户籍统计、掌管国家黄册是为民籍司，建立国民档案，进行人口普查，救助司管助养孤弱寡残，开展赈灾防疫等社会救济，另一个管辖天下鱼鳞册，监管国库、粮仓出纳之事，为粟农司。
剥离后的户部，只剩完全的财政部职能——管会计的财政司，度支司职能变为出纳，铸宝司管发行货币，再把工部的审核结算预算的慎节司放进来，全都要专业财务人才。
李枞向来与袁懿有默契，主动提议办一次转职内考，全国在任官员想进入新两部的都可来六月时赴京考试，然后特意和皇帝提了一句，请皇后把关出题。皇帝压根没理他，直接请来谢庆商议，不但咨询审计之事，还把顾辞关于皇家产业的计划奏折给他看了。
与有荣焉的谢庆接了出题一事，再提了几个意见。
首先关于税部，现在的普通税源来自两方面，一个是田税，摊丁入亩这么多年，原来的丁银和田赋合为一体收实物或货币税，另一个则是商税，就是商贾们深恶痛绝的杂税，这部分种类繁多偷漏也极多，官员监守自盗更是常事。前朝曾统一为铺税和路税，结果养肥了许多地方官，朝廷反而收不上什么钱。谢庆的建议是田税光收银，虚增火耗部分，等于变相加税，这部分要重点关注。商家可像田地一样执行商户登记入册制度便于考核政绩和收税，商贾们也能躲开苛捐杂税，每年只缴一次额定商税，小商贩的铺税和路税也是能免则免为好。对于盐、矿、茶三司，在登记制下增加其查账权，可尽量杜绝偷漏税。
其次是目前矿业只有铁矿办了皇家产业保证税收，其他矿产是否效仿，盐茶是否一样控制，这点还请皇帝慎重考虑。
再次，审计一事的确可不限于商业，若想审计各处府衙部司，不如在都察院里设立专门的审计司，弥补御史们侦查力度的不足。
最后是京中官员绝大多数为科举出身，尤其六部里哪怕一个笔帖式都可能是个进士。然这几处需要的是精于数算之人，还得皇帝帮忙解决身份问题。
送走谢庆，袁懿随即召来李枞、顾翱、金掌司及杨御史，议定户部分立和审计司之事，再招齐其他尚书商议办《皇家新闻报》代替邸报，允许个人投稿，种类不限，接受都察院审查。以及裁汰通政司和原属内阁辖下的行人司，将其职能全归于秘书处。秘书处置于养心殿西偏殿，分内外两处，外处每位阁老配一员，仍每日随行一人，负责拟旨传召，内处负责奏折的收发。还要建立奏折编号制度，按地区、职务、日期为序，其中上书、收讫、通奏、批复等日期和传阅人签章俱需明示于奏折末页。
种种举措都表明了神宗励精图治和把控政务的能力，权责界限更为分明，在没有内阁的情况下，直接把政事调整的任务落到一干能吏身上，正表明了日后的内阁只是决策机构而不参与具体事务的运营，与先帝内阁把持拟旨和可以直接以阁批号令六部执行内阁决议的做法区别极大。
这是一个更讲效率也更不讲情面的帝王。
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经过考成法折磨的文官们相对于机构调整更能适应和接受，因为这些对于责权的明确效果很明显，让他们被考核的压力少了许多，甚至于归于武职的兵部也对接手驿丞和传兵没有异议，本来没这部分人，他们也得派专人往来传信，这会不过是能用的人更多了，可以把不重要的日常信件站站相传，不用一人从头跑到尾。驿丞的活就更简单了，收发本地邮件，配合当地武事警戒，甚至保留了上疏权，俸禄从兵部发，还不受当地官府的辖制。
但文官系统的调整其实完全是为了组建武官系统而服务。这半年时间，就是袁懿为了建立新的军队系统，打造精兵良将和潜移默化开疆辟土这一国策做准备。
成立传邮司，只是为了把参谋司提出来独立，解放兵部的传兵，充实探马和斥候队伍，不让他们做跑腿这么简单的活。另外，这一改革在驿所的运作下，许多